У процесі функціонування системи здійснюються такі процедури.

Записи. Для документування функціонування системи повинні здійснюватися записи, які мають бути чіткими і мають зберігатися певний період часу, що залежить від терміну придатності продукту та вимог споживачів. До записів повинен бути забезпечений легкий доступ і зберігатись вони повинні таким чином, щоб запобігти їхній втраті, пошкодженню або зношуванню.

Управління невідповідним продуктом. Мають бути встановлені задокументовані процедури для попередження ненавмисного використання або споживання продукції, виробленої тоді, коли КТУ були поза критичними межами.

Повідомлення і відкликання. Для ситуацій, коли після поставки у продукції виявлено ризики для харчової безпеки, організація повинна встановити і затвердити задокументовані процедури повідомлення зацікавлених сторін, або відкликання продукції.

Управління засобами вимірювальної техніки і його методи. Засоби вимірювальної техніки, що використовуються під час моніторингу КТУ і пов´язані з діяльністю з валідації, повинні управлятися і бути відкаліброваними відповідно до чинних національних і міжнародних стандартів.

Методи, що використовуються для моніторингу КТУ і валідації, повинні бути відповідними і гарантувати, що отримані результати є відтворюваними.

Організація має встановити і підтримувати процедури калібрування та запису його результатів, повинна бути також документація, яка засвідчує достовірність результатів аналізу.