Система пільг з податку на додану вартість досить різноманітна. Так, статті Закону України «Про податок на додану вартість» закріплюють оподаткування за нульовою ставкою, операції, що звільняються від оподаткування і які не є об´єктами оподаткування. Взагалі система пільг щодо податку на додану вартість містить три групи звільнень.

1. Майно, товари (роботи, послуги), на які не нараховується цей податок. Наприклад, звільняються від оподаткування операції з продажу товарів спеціального призначення для інвалідів, сільськогосподарська продукція (її переробка), видана за рахунок оплати праці робітникам сільськогосподарських підприємств (крім товарів, заборонених для оплати заробітної плати натурою тощо).
2. Звільнення при перетинанні майна та імпортних матеріальних цінностей через митний кордон України (наприклад, експорт товарів за межі України).
3. Звільнення для певних підприємств. Наприклад, листом Державної податкової адміністрації України закріплено, що звільняються від оподаткування податком на додану вартість представництва міжнародних організацій, що створені та діють на території України відповідно до міжнародних договорів, в яких бере участь Україна. Як відомо, представництва міжнародних організацій не можна розглядати як дипломатичні представництва держав і принцип взаємності стосовно них не застосовується. Обсяг пільг і привілеїв, у тому числі щодо податку на додану вартість, для таких організацій та їх персоналу повинен визначатися відповідними положеннями міжнародних договорів України, згідно з якими вони створені.