У системі органів, що здійснюють мобілізацію коштів до централізованих фондів держави, податкові органи посідають головне місце, оскільки контролюють своєчасне і повне надходження основної частини податків і зборів, що сплачуються на території України. Це їх основне повноваження, оскільки саме з цією метою і створено таку спеціалізовану структуру.

Важливою ознакою податкового органу є його представницький характер. У податкових правовідносинах держава виступає в особі уповноважених податкових органів, котрі мають дві ознаки: діють від імені держави та є носіями відповідних повноважень державно-владного характеру, тобто в широкому розумінні є органом державного управління.

Державна податкова служба України створена як єдина система управління і контролю за дотриманням податкового законодавства, за правильністю нарахування, повнотою і своєчасністю внесення до відповідного бюджету податків та інших обов´язкових платежів, встановлених законодавством. Отже, державна податкова служба України — це єдина централізована система органів, що входить до системи центральних органів державного управління і здійснює контроль за правильністю нарахування, повнотою і своєчасністю сплати податків та інших неподаткових платежів та не залежить у своїй діяльності від інших державних органів.

Податкові органи, що наділені повноваженнями в сфері оподаткування, висловлюють державну волю у визначених межах, тому діяти податкові органи повинні, не виражаючи власної ініціативи, а якщо виражають її, то лише у встановлених законом випадках (податковий компроміс) і в інтересах держави. Використовуючи метод владних розпоряджень, держава чітко визначає в законі всі ті ситуації, що так або інакше можуть впливати на податкові правовідносини. Податкові органи для виконання поставлених перед ними завдань мають відповідні обов´язки і права. Однак надані їм права в деяких випадках виступають одночасно і їх обов´язками, а якщо право надане в «чистому» вигляді (тобто розуміється тільки як право), умови його застосування чітко обумовлено в законі. У зв´язку з цим Б. М. Лазарев зазначав, що для державного органу всі права, що випливають з його завдань і функцій, не є правами в класичному розумінні, тобто такі, котрі орган може використовувати (або не використовувати) суто на власний розсуд, а виступають як служіння державі, тобто у широкому плані — виконання обов´язків перед ним.

Усі права й обов´язки, що формують повноваження податкових органів, можна поділити на дві групи. Перша — та, що кореспондується з правами й обов´язками платників (обов´язок податкового органу надавати інформацію щодо оподаткування відповідає праву платника податків на одержання такої інформації). Друга група прав і обов´язків, що реалізуються при взаємодії з іншими суб´єктами податкових правовідносин (право податкового органу одержувати інформацію, що стосується оподаткування від суб´єктів, які сприяють сплаті податків і зборів, відповідає обов´язку цих суб´єктів з надання такої інформації).

При цьому дуже важливо визначити вичерпний перелік прав і обов´язків податкового органу, оскільки це обмежує застосування податковим органом тих дій щодо платників податків, які не встановлені законодавством.

До системи органів державної податкової служби належать: Державна податкова адміністрація України, державні податкові адміністрації в Автономній Республіці Крим, областях,містах Києві та Севастополі, державні податкові інспекції в районах, містах (крім міст Києва і Севастополя), районах у містах. У складі органів державної податкової служби діють відповідні спеціальні підрозділи боротьби з податковими правопорушеннями — податкова міліція. Державна податкова адміністрація України залежно від кількості платників податків та інших місцевих умов може утворювати міжрайонні (на два і більше райони), об´єднані (на місто і район) державні податкові інспекції, а в їх складі — відповідні підрозділи податкової міліції.

У Державній податковій адміністрації України і державних податкових адміністраціях в Автономній Республіці Крим, областях, містах Києві та Севастополі створюють колегії. Колегії є дорадчими органами і розглядають найбільш важливі напрями діяльності відповідних державних податкових адміністрацій.

Структуру Державної податкової адміністрації України затверджує Кабінет Міністрів України. Державну податкову службу України очолює Голова Державної податкової адміністрації України, якого призначає на посаду і звільняє з посади Президент України за поданням Прем´єр-міністра України. Державні податкові інспекції в районах, містах (крім міст Києва і Севастополя), районах у містах, міжрайонні й об´єднані державні податкові інспекції очолюють начальники, яких призначає на посаду і звільняє з посади Голова Державної податкової адміністрації України за поданням голів відповідних державних податкових адміністрацій в Автономній Республіці Крим, областях, містах Києві і Севастополі. Начальників управлінь податкової міліції призначає Голова Державної податкової адміністрації України.

Загальні функції всіх підрозділів Державної податкової служби (загальні функції податкових органів) такі.

1. Здійснювати на підприємствах, в установах і організаціях незалежно від форм власності й у громадян, у тому числі громадян—суб´єктів підприємницької діяльності, перевірки грошових документів, бухгалтерських книг, звітів, кошторисів, декларацій, товарно-касових книг та інших документів незалежно від способу надання інформації, пов´язаних з нарахуванням та сплатою податків.
2. Одержувати безкоштовно від підприємств, установ, організацій, громадян—суб´єктів підприємницької діяльності довідки, копії документів про фінансово-господарську діяльність, отримані доходи, витрати підприємств, установ і організацій незалежно від форми власності та у громадян про розрахункові, валютні та інші рахунки, інформацію про наявність і оборот коштів на цих рахунках.
3. Обстежувати будь-які виробничі, складські, торгові та інші приміщення підприємств, установ і організацій незалежно від форми власності і житло громадян, якщо вони використовуються як юридична адреса суб´єкта підприємницької діяльності, а також для одержання доходів.
4. Вимагати від керівників та інших посадових осіб підприємств, установ, організацій, а також від громадян, діяльність яких перевіряється, усунення виявлених порушень податкового законодавства і законодавства про підприємницьку діяльність, контролювати їх виконання, а також припинення дій, що перешкоджають здійсненню повноважень посадовими особами органів державної податкової служби.
5. Вилучати (із залишенням копій) у підприємств, установ і організацій документи, що свідчать про приховання (заниження) об´єктів оподаткування, несплату податків, інших платежів, вилучати у громадян—суб´єктів підприємницької діяльності реєстраційні свідчення або спеціальні дозволи (ліцензії, патенти) з наступною передачею матеріалів про порушення органам, що видали ці документи.
6. Застосовувати до підприємств, установ, організацій і громадян фінансові санкції в порядку і розмірах, встановлених законом.
7. Стягувати до бюджетів і державних цільових фондів суми недоїмки, пені і штрафні санкції в порядку, передбаченому законом.
8. Надавати відстрочення і розстрочення за податками, вирішувати питання про податковий компроміс, а також приймати рішення про списання безнадійного боргу в порядку, передбаченому законом.
9. Накладати адміністративні штрафи на керівників та інших посадових осіб підприємств, установ, організацій, на громадян-підприємців, на громадян, що порушують законодавство про підприємництво в порядку, встановленому законодавством.
10. Надавати інформацію з Державного реєстру фізичних осіб—платників податків та інших обов´язкових платежів іншим державним органам відповідно до чинного законодавства.
11. Матеріально і морально заохочувати громадян, які надають допомогу в боротьбі з порушеннями податкового законодавства.
12. Звертатися в передбачених законом випадках до суду або господарського суду з позовною заявою про скасування державної реєстрації суб´єкта підприємницької діяльності.