Центральні органи виконавчої влади зі спеціальним статусом мають визначені Конституцією та законодавством України особливі завдання й повноваження, щодо них може встановлюватися спеціальний порядок утворення, реорганізації, підконтрольності, підзвітності, а також призначення і звільнення керівників та вирішення інших питань. Ці органи очолюють голови.

Прикладом органу зі спеціальним статусом є Антимонопольний комітет України. Як визначено Законом України "Про Антимонопольний комітет України" Антимонопольний комітет є державним органом із спеціальним статусом, метою діяльності якого є забезпечення державного захисту конкуренції у підприємницькій діяльності та у сфері державних закупівель. Особливості спеціального статусу Антимонопольного комітету України обумовлюються його завданнями та повноваженнями, в тому числі роллю у формуванні конкурентної політики, та визначаються Законом "Про Антимонопольний комітет України", іншими актами законодавства і полягають, зокрема, в особливому порядку призначення та звільнення Голови Антимонопольного комітету України, його заступників, державних уповноважених Антимонопольного комітету України, голів територіальних відділень Антимонопольного комітету України, у спеціальних процесуальних засадах діяльності Антимонопольного комітету України, наданні соціальних гарантій, охороні особистих і майнових прав працівників Антимонопольного комітету України нарівні з працівниками правоохоронних органів, в умовах оплати праці.

Антимонопольний комітет України підконтрольний Президенту України та підзвітний Верховній Раді України. Основним завданням Антимонопольного комітету України є участь у формуванні та реалізації конкурентної політики в частині:

1) здійснення державного контролю за дотриманням законодавства про захист економічної конкуренції на засадах рівності суб´єктів господарювання перед законом та пріоритету прав споживачів, запобігання, виявлення і припинення порушень законодавства про захист економічної конкуренції;

2) контролю за концентрацією, узгодженими діями суб´єктів господарювання та регулюванням цін (тарифів) на товари, що виробляються (реалізуються) суб´єктами природних монополій;

3) сприяння розвитку добросовісної конкуренції;

4) методичного забезпечення застосування законодавства про захист економічної конкуренції;

5) здійснення контролю щодо створення конкурентного середовища та захисту конкуренції у сфері державних закупівель.

Антимонопольний комітет України утворюється у складі Голови та десяти державних уповноважених. З числа державних уповноважених призначаються два перших заступники та три заступники Голови Антимонопольного комітету України. Антимонопольний комітет утворює територіальні відділення. Антимонопольний комітет і його територіальні відділення становлять систему органів Антимонопольного комітету України, яку очолює Голова Комітету. Антимонопольний комітет України, адміністративні колегії Антимонопольного комітету України, державні уповноважені Антимонопольного комітету України, адміністративні колегії територіальних відділень Антимонопольного комітету України є органами Антимонопольного комітету України.

Антимонопольний комітет України має низку повноважень у сфері здійснення контролю за дотриманням законодавства про захист економічної конкуренції; за узгодженими діями, концентрацією; у сфері формування та реалізації конкурентної політики, сприяння розвитку конкуренції, нормативного і методичного забезпечення діяльності Антимонопольного комітету та застосування законодавства про захист економічної конкуренції.

Голова Антимонопольного комітету призначається на посаду та звільняється з посади Президентом України за згодою Верховної Ради України. Строк повноважень Голови становить сім років. Голова Антимонопольного комітету України не може призначатися на цю посаду більше ніж на два строки поспіль. Голова Антимонопольного комітету України може бути звільнений з посади у разі вчинення ним злочину та у зв´язку з неможливістю виконання обов´язків за станом здоров´я. Голова Антимонопольного комітету України має право заявити про свою відставку Президенту України. Припинення повноважень Голови Комітету не тягне за собою складання повноважень державними уповноваженими Антимонопольного комітету України.

Голова Антимонопольного комітету України на вимогу Верховної Ради України, але не рідше одного разу на рік, звітує перед Верховною Радою України про діяльність Комітету. Голова Антимонопольного комітету має право брати участь у засіданнях Кабінету Міністрів України з правом дорадчого голосу.

Інший приклад — Служба безпеки України. Це державний правоохоронний орган спеціального призначення, який забезпечує державну безпеку України. Служба безпеки України підпорядкована Президенту України і підконтрольна Верховній Раді України. На Службу безпеки України покладається у межах визначеної законодавством компетенції захист державного суверенітету, конституційного ладу, територіальної цілісності, економічного, науково-технічного і оборонного потенціалу України, законних інтересів держави та прав громадян від розвідувально-підривної діяльності іноземних спеціальних служб, зазіхань із окремих організацій, груп та осіб, а також забезпечення охорони державної таємниці. До завдань Служби безпеки України також входить попередження, виявлення, припинення та розкриття злочинів проти миру і безпеки людства, тероризму, корупції та організованої злочинної діяльності у сфері управління і економіки та інших протиправних дій, які безпосередньо створюють загрозу життєво важливим інтересам України.

Систему Служби безпеки України складають Центральне управління Служби безпеки України, підпорядковані йому регіональні органи, Служба безпеки Республіки Крим, органи військової контррозвідки, військові формування, а також навчальні, науково-дослідні та інші заклади Служби безпеки України. Організаційна структура Служби безпеки України визначається Президентом України. Керівництво всією діяльністю Служби безпеки України, її Центральним управлінням здійснює Голова Служби безпеки України.

Служба безпеки України відповідно до своїх основних завдань зобов´язана:

1) здійснювати інформаційно-аналітичну роботу в інтересах ефективного проведення органами державної влади та управління України внутрішньої і зовнішньої діяльності, вирішення проблем оборони, соціально-економічного будівництва, науково-технічного прогресу, екології та інших питань, пов´язаних із національною безпекою України;

2) здійснювати заходи контррозвідувального забезпечення дипломатичних представництв, консульських та інших державних установ, а також заходи, пов´язані з охороною державних інтересів у сфері зовнішньополітичної та зовнішньоекономічної діяльності, безпекою громадян України за кордоном;

3) виявляти, припиняти та розкривати злочини, розслідування яких віднесено законодавством до компетенції Служби безпеки України; проводити дізнання і слідство у цих справах; розшукувати осіб, які переховуються у зв´язку із вчиненням зазначених злочинів;

4) здійснювати контррозвідувальні заходи з метою попередження, виявлення, припинення і розкриття будь-яких форм розвідувально-підривної діяльності проти України;

5) забезпечувати захист державного суверенітету, конституційного ладу і територіальної цілісності України від протиправних зазіхань із боку окремих осіб та їх об´єднань;

6) здійснювати контррозвідувальне забезпечення оборонного комплексу, Збройних Сил України, інших військових формувань, дислокованих на території України, енергетики, транспорту, зв´язку, а також важливих об´єктів інших галузей господарства;

7) брати участь у розробці і здійсненні відповідно до Закону України "Про державну таємницю" та інших актів законодавства заходів щодо забезпечення охорони державної таємниці та конфіденційної інформації, що є власністю держави, сприяти у порядку, передбаченому законодавством, підприємствам, установам, організаціям та підприємцям у збереженні комерційної таємниці, розголошення якої може завдати шкоди життєво важливим інтересам України тощо.

Службі безпеки України, її органам і співробітникам для виконання покладених на них обов´язків надається право:

1) вимагати від громадян та посадових осіб припинення правопорушень і дій, що перешкоджають здійсненню повноважень Служби безпеки України, перевіряти у зв´язку з цим документи, які посвідчують їх особу, а також проводити огляд осіб, їх речей і транспортних засобів, якщо є загроза втечі підозрюваного або знищення чи приховання речових доказів злочинної діяльності;

2) подавати органам державної влади, органам місцевого самоврядування, підприємствам, установам, організаціям усіх форм власності обов´язкові для розгляду пропозиції з питань національної безпеки, у тому числі із забезпечення охорони державної таємниці;

3) одержувати на письмовий запит керівника відповідного органу Служби безпеки України від міністерств, державних комітетів, інших відомств, підприємств, установ, організацій, військових частин, громадян та їх об´єднань дані і відомості, необхідні для забезпечення державної безпеки України, а також користуватися з цією метою службовою документацією і звітністю;

4) складати протоколи про адміністративні правопорушення, віднесені законом до компетенції Служби безпеки України, проводити особистий огляд, огляд речей, вилучення речей і документів, застосовувати інші передбачені законом заходи забезпечення провадження у справах про адміністративні правопорушення; та інші права.