У з´ясуванні природи нації І. Лисяк-Рудницький поєднував історичний (діахронічний) і порівняльний підходи, що передусім характерно для його концептуально важливої статті «Україна між Сходом і Заходом». Він недвозначно відмежовувався від редукціоністських концепцій в етнології, які визначення етносу чи нації намагалися подати у фізичних, біологічних чи біопсихічних поняттях. Лисяк-Рудницький визнавав існування «національного характеру», але не в натуралістичному значенні. Національний характер, на його думку, формується історично, тому важливо досліджувати історичні чинники, задіяні в його становленні. За його переконаннями, сформований, викристалізований національний характер здатний виявляти непіддатливість зовнішнім впливам. Оскільки «сфера соціального буття свідчить про те, що людина — духова істота», як стверджував він у статті «Формування українського народу й нації» (1951), то природознавчі поняття не можуть адекватно пояснити її: «У противагу приналежності до зоологічної породи приналежність до народу зумовлена не тільки народженням (як біологічним фактом!), а й насамперед вихованням (отже, фактом соціально-культурно-духовного порядку)». Це не означає, що біологічні, у т. ч. антропологічні, ознаки не відіграють ніякої ролі у процесі об´єднання людей у спільноти, зокрема нації, але нації — це передусім суспільно-культурні і політичні утворення.

У розумінні нації І. Лисяк-Рудницький намагався уникнути невиправданих версій голізму, крайні концепції якого перебільшують цілісність нації, розглядають «характер», «дух нації», «ментальність» як сутності, що мало залежать від історичних обставин, а тому розуміють їх як незмінні, позаісторичні утворення.

Володіючи глибокими історичними знаннями, історичним мисленням, І. Лисяк-Рудницький добре знав, наскільки процес етногенези і націостановлення далекий від того, щоб демонструвати наявність певної незмінної позаісторичної сутності. Теза, за якою нація є витвором історичним, наслідком дії історичних обставин і сил, відігравала для вченого роль важливої методологічної настанови. Під кутом зору дискусії між примордіалістами, які наполягають на давності націй, їх поступовому формуванні в процесі етногенези, і модерністами, які доводять, що нації є утворенням новочасної історії (модерного часу), концепція націотворення І. Лисяка-Рудницького тяжіє більше до модерністського погляду. Зрештою, про це він стверджував у статті «Формування українського народу й нації»: «Нація — феномен політичної сфери. Нація — це колектив людей, що хочуть бути державою. Тому зовсім оправдано в деяких західних мовах (французькій, англійській) слово "нація" вживають як синонім "держави". Все-таки тут треба внести деякі корективи: не всі держави заслуговують назву нації. Можна навіть припускати, що більшість історичних держав не були націями. Так, конгломерат територій, об´єднаних тільки династичним способом, не творить нації. Розмежування можна провести таким робом, що ті держави не є націями, що від своїх підданих вимагають тільки пасивної покори, а не свідомої співвідповідальності. Різні азіатські завойовницькі імперії — це не нації. З другого боку, існують також "бездержавні нації". Але тут мусимо бути обережні, наприклад, Польща в половині 19 ст. була нацією, хоч не було польської держави; Європа ніколи не переставала вважати поляків за націю».

Ці та інші його міркування свідчать, що важливими ознаками «модерної нації» І. Лисяк-Рудницький вважав перетворення підданого на громадянина, рівність громадян у своїх правах. Становий характер козацької України був підтвердженням того, що вона не відповідала критерію «модерної демократичної нації». Тільки визвольні змагання, наслідком яких було утворення УНР, дали йому підстави стверджувати, що хоч «держави не вдалось закріпити, але Україна вийшла з революції як політична нація».

І. Лисяк-Рудницький розглядав націю як спільноту, що виникає на основі поєднання етнічного і політичного принципів. Термін «народ» у статті «Формування українського народу й нації» він використовував на позначення груп людей, наділених спільними етнічними ознаками. Це зумовило його парадоксальне твердження: «Є нації, що складаються з кількох народів, як і народи, що розпадаються на кілька націй». Однак слово «народ» не є однозначним. У більшості європейських мов ним позначають: певну групу людей, яку виокремлюють за різними ознаками людей, об´єднаних етнокультурними ознаками — народ-етнос; підданих певної держави, наприклад, римляни позначали себе латинським populus на противагу «етносам»; людей, що утворюють громадянське суспільство, політичну націю. У різних європейських мовах відповідники до українського слова «народ» мають власні смислові відтінки: на відміну від англійського people, одним із значень якого є «люди», німецьке Volk має смисловий відтінок «народ-етнос»; українське «народ» тривалий час вживали у значенні «народ-етнос», хоч тепер його використовують і в значенні політичної нації. У XVIII—XIX ст. словом «народ» в англійському і французькому політичному мовленні позначали громадян держави (політичну націю), але поступово його витіснив термін «нація», що відображено у тезі «народи стали націями».

Становлення націй у Європі, за переконанням І. Лисяка-Рудницького, пов´язане з перетвореннями на етнічності. «Старі» нації пережили перетворення ще в межах абсолютних монархій з активною участю держави, де формування нової етнокультурної цілості відбувалося на основі традиційних етнічних спільнот. Кордони нових етнокультурних спільнот не тотожні з давнім етнічним розмежуванням, оскільки зусилля держави, вплив високої культури (створення унормованої літературної мови тощо) зумовлювали формування принципово нового етнічного утворення — «культурної нації» (Ф. Майнекке), яка відрізняється від «державної нації». Такі процеси відбувалися і без участі держави (або за часткового її сприяння, оскільки існувала вона епізодично). Так було з поляками, чехами, словаками, українцями тощо. Цим зумовлена двозначність терміна «нація»: західноєвропейське його використання пов´язане з розумінням нації як політичного утворення; східноєвропейське і німецьке — з розумінням нації як етнокультурного утворення. Відсутність у текстах І. Лисяка-Рудницького вказівки на цю двозначність, зокрема відсутність посилання на твір Майнекке «Світове громадянство і національна держава», ускладнило з´ясування ним поняття «нація». Недооцінив він і те, що нові етнокультурні спільності (цілості), тобто етнічні нації, які формуються у «старих» і в «нових» європейських націях за допомогою і без допомоги держави, є також переважно новочасними, модерними утвореннями. Творення літературних мов, масова освіта тощо — впливові чинники культурного, політичного життя в європейській історії Нового часу. Однак вчений веде мову про появу «етнічної гомогенності», що фактично означає те саме, що й «культурна нація» чи «етнічна нація».

І. Лисяк-Рудницький не вважав себе фахівцем з етнології і націології. Питання формування нації його цікавили тільки у зв´язку з дослідженням історії політичної думки в Україні.