Концепція пізнання Сковороди є логічним продовженням його філософського вчення про дві натури і три світи, а розроблені на основі цього вчення етичні принципи і власне життя філософа, яке він підпорядковував реалізації цих принципів, зумовили зміщення пошуків мислителя у сферу моралі. Унаслідок цього гносеологічні ідеї він підпорядковував етиці, крізь призму якої він і вирішував основні питання теорії пізнання. Це дає підстави для тлумачення праць Сковороди як своєрідного moralite. Наприклад, Г. Коваленко писав, що Сковорода «зливав» докупи питання філософічні, богословські й етичні і жодним чином не розрізняв їх.

Орієнтація на етико-гуманістичні традиції філософії і висунення на передній план морально-етичної проблематики були характерні не лише для Сковороди, а й для багатьох його сучасників — мислителів минулого. На морально-етичній функції філософії акцентували увагу і російські просвітники другої половини XVIII ст. Зокрема, український і російський філософ-просвітитель Яків Козельський (прибл. 1728—1794) тлумачив філософію як науку наук, що вивчає природу, причини явищ, людину, її пізнавальні здібності, моральні принципи. Філософія, на його думку, виходить із пізнання мудро влаштованих тварей до пізнання Творця, навчає людину визнавати буття, велич, премудрість і всемогутність божу, вказує на її призначення в кожному випадку, спрямовує її до справжнього доброчинства, пристрасті до загального добра, навчає користуватися розумом і розсудливістю, дає змогу досягнути блага. Прагнення тлумачити філософію як науку, що відкриває шлях до щасливого життя і моральної величі духу, характерне для філософського вчення Сковороди. Тому цілком природно, що основною метою розв´язання теоретичних проблем було для нього навчання мудрому поводженню в житті.

Таке «балансування» гносеології між онтологічною інтерпретацією буття, вираженою формулою Сковороди «Увесь світ складається з двох натур: одна видима, інша невидима», і його етичним вченням, яке зосереджує увагу на аналізі ставлення людини до природи, до себе, вроджених схильностей і певного роду діяльності, робить її оригінальною і водночас важкодоступною.

Загалом концепцію пізнання, тобто ідей, спосіб їх розгляду Сковородою (в історико-філософській літературі при розгляді питань гносеології зазвичай користуються поняттям «теорія пізнання», але проблеми, характер їх розв´язання і понятійний апарат Сковороди не відповідають поняттю «теорія») не можна чітко співвіднести з його вченням про три світи і в такий спосіб відмежувати її від суто онтологічної основи вчення про дві натури. Унаслідок цього можна дійти висновку, що процес пізнання, рівномірно розподілений у Сковороди за всіма п´ятьма онтологічними точками буття. І це зроблено таким чином, що жодну з них не можна цілком ототожнити із суб´єктом, який пізнає, чи об´єктом, якого пізнають. Наприклад, «мирік», тобто людина, складається з «видимої» і «невидимої» натур і може спрямовувати пізнання на «великий світ», на себе і частково на «символічний світ».

Така своєрідність взаємодії онтології і метафізики, з одного боку, та онтології й етики — з іншого, зумовила й своєрідність концепції пізнання Сковороди. Адже перед ним фігурувала проблема пізнання не лише закономірностей розвитку «обительного мира» — макрокосму і людського організму, тобто речового і тілесного світів, а й тих невидимих ідеальних сутностей, що стоять за ними. Сковорода був переконаний у безсумнівному визнанні пізнавальності фізичного світу. Однак його суперечливе ставлення до фізичного світу, який стосується щастя людини, хоча і є лише «оболонкою», не могло не позначитись і на визначенні його пізнавальної цінності.

Пізнання фізичного світу, на думку Сковороди, не є само по собі цінним. Воно не має мети і не може здійснюватись без постійного стимулювання з боку істини, яка як мета пізнавального процесу знаходиться поза «видимою натурою», будучи одним із синонімів «натури невидимої». Тому наближення до сутності, істини завжди містить у собі момент переходу від однієї натури до іншої, від пізнання явища до пізнання сутності. Цим зумовлена складність абстрактного мислення, бо, за твердженням Сковороди, при цьому змінюється не лише засіб, яким людина здійснює пізнання, а й об´єкт, який перестає бути матеріально, предметно фіксованим і перетворюється на самодостатню ідеальну сутність із властивою їй божественною природою. Пізнання ідеального і є головним завданням людини, якій у цьому мусить допомагати філософія: «У великому й у малому світі речовинний вид дає знати про сховані під ним форми чи вічні образи». Саме пізнання вічних форм, недосяжних чуттєвому сприйняттю, за винятком містичного досвіду, який одночасно є і чуттєвим, і надчуттєвим, становить предмет пізнання, у процесі якого осягається істина.

Гносеологія Сковороди містить й інші цікаві положення. На відміну від більшості мислителів його часу Сковорода знімає проблему критерію істини: як думка може пізнавати те, що предмети, які вона уявляє, подібні до її уявлень. Це пояснюється тим, що питання про співвідношення між знанням і тим, що пізнається, у межах сковородинівського підходу до тлумачення істини втрачає будь-який сенс, оскільки істина не має потреби в критерії, тому що вона володіє буттям сама по собі. Тобто вона і є тим, що думка має пізнати. Отже, метою пізнання, за Сковородою, є не істинні речі (наприклад, істинний камінь чи істинне дерево), а істина в речах (істина в камені, істина у дереві тощо). Сковорода веде мову не стільки про розрізнення подвійного існування світу в почуттях, на чому акцентував увагу Дж. Берклі, застерігаючи від визнання подвійного існування чуттєвих об´єктів, скільки про подвійність самого сприйняття цього світу: «Не впади в рів безумства, начебто в світі нічого нема, окрім видимостей, і начебто ім´я це (Бог) порожнє». Тобто якщо дещо і має бути критерієм істини, то ним не може бути відповідність знання про річ тому, якою вона гіпотетично є сама по собі, а лише відповідність речі своїй сутності.

Залишається питання співвідношення в пізнанні чуттєвого і раціонального. Для розв´язання цієї проблеми Сковорода пропонує таку формулу: почуттями пізнається зовнішність речей, а розумом — їх сутність. Отже, проблема полягає не в тому, як відкоригувати те чи інше знання, а в тому, як взагалі почати пізнавати. У цьому сенсі Сковорода відтворює зазначену Платоном в «Теететі» думку про те, що до знання як такого взагалі не застосовані предикати істини чи хибності, оскільки у другому випадку воно перестає бути знанням і перетворюється на гадку. Почати пізнавати можна з визнання «двох натур», тобто із визнання факту відмінності між чуттєвим і плинним, з одного боку, і розумовим, вічним та незмінним — з іншого. Проте, за Сковородою, цей принцип не означає, що існує саме по собі чуттєве пізнання без раціонального елементу, адже пізнання завжди передбачає існування такого агента (ним є розсудок чи розум), який би виконував синтетичну діяльність стосовно перцепцій. У цьому значенні чуттєве і раціональне взаємопов´язані. Без одного неможливе й інше, оскільки лише на зазначеному шляху людині відкривається істина, тобто божественна сутність речей.

Подібне ототожнення істини з Богом, а сутності з божественною натурою призводить до того, що премудрість тлумачать як знання про Бога (в цьому сенсі існує паралель між тим, як ідею пізнання Бога розуміє Сковорода, і тим, як її інтерпретує у своїй «Етиці» Б. Спіноза). Оскільки речі, що реально існують, є своєрідною тінню істини, то їх можна пізнати інтуїтивно за допомогою образів тлінних речей і різних фігурних зображень, які набувають пізнавального значення символів. Проте для здійснення процесу пізнання людині від початку необхідно мати імпліцитну (невисловлену, зовнішньо не виявлену) уяву про істину. Цей парадокс відомий ще з часів Платона. Шукаючи відповіді на це питання, Сковорода пов´язав істину зі щастям, тим самим поставивши теоретичній філософії практичну ціль і знявши межі між гносеологією і практичною філософією. Сковорода встановлює евдемоністичний (що проголошує щастя вищою мірою) принцип випробування теоретичного знання. На це одним із перших безпосередньо звернув увагу академік М. Попович, який писав: «На відміну від містиків, Сковорода був переконаний, що людина наділена розумом саме для того, щоб знайти своє щастя», а на відміну від Просвітництва «він не хоче покладатися на далеку перспективу, себто істина і щастя, якщо вони досяжні, можливі не десь і колись, а тут і зараз».

Морально-етичному вченню Сковорода підпорядковує гносеологічну, а через неї й онтологічну проблематику. Із такими поняттями, як «буття», «сутність», «явище», «існування», «форма», «необхідність», «простір», «час», «причина» тощо, зіставляються такі етичні принципи, як «добро і зло», «справедливість і сумління», «благо і чеснота». Водночас проблема суб´єктивної оцінки пізнання об´єктивної істини набуває для Сковороди важливого значення. Це відображає діалектика легкого і складного, в якій простежується еволюція поглядів мислителя на природу «щастя й істини» і навколо якої постійно обертається думка Сковороди. У різних діалогах ця проблема розв´язується по-різному. Вона постійно відображається в діалогах Сковороди у найрізноманітніших запитаннях: «Якщо Бог присутній у всьому, то і в людині теж. Але чому тоді його не всі пізнають?»; «Звідки походить зло?»; «Чи може душа згубитися?»; «Чи обмежена істина простором та часом?»; «Якщо істина є простою, то що тоді заважає її пізнанню?»; «Чи спроможний розум пізнати істину?» тощо. Актуальною для Сковороди була гносеологічна проблематика «легкий чи важкий шлях до істини».

Усі ці питання були для нього не лише проблемою життєвою і суто індивідуальною, а й життєвирішальною, тому що він не просто розв´язував абстрактні проблеми, а жив, як учив; «не просто стояв на позиціях "абстрактної людини", а намагався сам стати "абстрактною людиною"» (М. Попович).