Одним із центральних елементів філософування Сковороди є його вчення про дві натури і три світи. Ці ідеї — поділ усього існуючого на дві натури і три світи — не пов´язані причинно-наслідковим зв´язком, але і не відокремлені одна від одної. Ідея про «двонатурність» світу простежується в усіх філософських працях мислителя: «Видима натура називається твар, а невидима — Бог. Ця невидима натура, чи Бог, усю твар прозирає й утримує; скрізь завжди був, є і буде. Наприклад, тіло людське видно, але утримуючого його розуму не видно. Через це у стародавніх Бог звався Розум Всесвітній. Йому в них були різні імена: натура, буття речей, вічність, час, доля, необхідність, фортуна та інше. А в християн найвідоміші йому імена такі: дух, Господь, цар, отець, розум, істина. Останні два імені здаються доречнішими інших тому, що розум є цілком неуречевлений, а істина вічним своїм пробуттям цілком супротивна непостійній речовині. Та й тепер у деякій землі Бог зветься "іштен". Що ж до видимої натури, то у неї також не одне ім´я, наприклад: речовина чи матерія, земля, плоть, тінь та інше».

У системі самосприйняття Сковороди вчення про три світи не є чимось другорядним: «Є ж три світи. Перший є всезагальний і світ населений, де живе все народжене. Цей, складений із незлічених світ-світів, і є великий світ. Інші два часткові й малі світи. Перший — мікрокосм, тобто світик, малий світ або людина. Другий світ символічний, тобто Біблія. У населеному будь-якому світі сонце є око його, і око це є сонце. А як сонце є голова світу, то не дивно, що людина названа мікрокосм, тобто маленький світ. А Біблія є символічний світ, тому що у ній зібрані небесних, земних і глибинних створінь фігури, щоб вони були монументами, які ведуть нашу думку у поняття вічної природи, прихованої у тлінній так, як малюнок у фарбах своїх».

Ідея співіснування двох натур (двох природ) була висунута ще за часів античності, коли спочатку досократики (Геракліт, Парменід, Зенон), а потім Сократ і Платон звернули увагу на те, що сфера буття може бути розглянута у двох аспектах:

1) постійно змінне («Все тече, все змінюється») матеріальне, рухоме, чисельне буття, утворене з окремих частин, що існує у просторі і часі та відчуває на собі їх постійний вплив. Це буття людина сприймає відчуттями і будь-яка річ матеріального світу становить частину цього буття;

2) буття, яке людина мислить. На відміну від першого типу буття йому властиві всі протилежні ознаки: нерухомість, незмінність, нематеріальність, постійна самототожність, досконалість, простота (бути простим означає не мати частин). Унікальною властивістю світу, в якому живе людина, а також самої людини, є те, що як людині, так і світові, в якому вона існує, властиві два типи буття.

У різних філософських ученнях співвідношення між двома типами буття мають суттєві відмінності, про що свідчать хоча б тези про їх фундаментальну антитетичність, ідеї щодо необхідного їх взаємозв´язку і взаємодії.

Існування двох натур визнає і Сковорода, використовуючи у своїх діалогах різні терміни для їх характеристики. Перший тип буття він найчастіше характеризує як оманливість, зовнішність, видимість, тілесність, тлінність, тваринність, матерію; другий описує, послуговуючись поняттями «божественність», «духовність», «форми», «внутрішність», «невидимість», «істина». Наголошуючи на протилежності цих натур, Сковорода не заперечує їх взаємозв´язку. У цьому контексті показовим є наведений ним приклад дерева і тіні, адже між ними існує суттєва відмінність. Однак неможливо уявити собі такого світу, в якому б не існувало тіней, оскільки часто саме тінь дає змогу краще побачити речі, надає світові глибину і розмаїття. Проте необхідно чітко усвідомлювати, що є причиною, а що — наслідком. Для Сковороди причиною (основою) є саме невидима, внутрішня натура, а зовнішній світ (зовнішня натура) є лише наслідком, який утворюється на поверхні. Однак протилежність двох натур не повинна трактуватись як неможливість переходу від однієї до іншої або як настанова на знищення однієї з них.

Фактично ідею внутрішньої, невидимої природи Сковорода пов´язував з поняттям «сутність», що дає змогу речам залишатись речами, надає їм визначеність і є основою можливих пізнавальних актів людини. Тому гносеологічною метою людини є перехід від однієї натури до іншої, що означає пізнання сутності речей.

Цю універсальну сутність світу речей Сковорода позначав поняттям «Бог». Це не означає, що він відмовлявся від властивого християнству персоналістичного трактування Бога. Однак для нього Бог — ще й філософське поняття, яке тлумачать як першооснову всього існуючого, першопричину, що є одночасно причиною самої себе і законом існування всього світу. Очевидно, така першопричина існує поза простором і часом, а отже, до неї неможливо застосовувати будь-які предикати, якими людина зазвичай характеризує зовнішній світ (в цьому сенсі Бога можна описати лише негативно). Для того щоб залишатись постійно діючою причиною світу, Бог повинен певним чином бути присутнім у ньому. Тому на запитання «Де є Бог?» Сковорода відповідав: «Всюди». Цей аспект споріднює його філософію з пантеїстичною (ототожнює Бога з природою). Проте характеризувати Сковороду як пантеїста бракує підстав, оскільки «всеприсутність Бога у світі» та його «розлитість світом» не означають його розчинення у світі. Тобто в будь-який момент, в будь-якому когітальному (пізнавальному) акті людина здатна чітко розмежувати природу Бога від природи світу.

Взаємодія і протилежність цих двох натур спостерігається скрізь. Однак найрельєфніше і найінтенсивніше ці процеси відбуваються в людині. Адже людина — це єдність душі і тіла, розуму і відчуття, тварини і духу. Проте ця єдність постає не як певна суміш двох кольорів, що поступово розчиняються один в одному, а як постійна боротьба двох натур. Сковорода не намагався змусити людину остаточно відмовитись від однієї з натур на користь іншої. Справжня мета філософа, філософії, будь-якої людини полягає в тому, щоб узгодити ці дві натури і правильно спрямувати енергію їхньої взаємодії. Умовою такої гармонії натур в людині Сковорода вважав пізнавальний процес. Тобто для того, щоб тлінне і нетлінне, зовнішнє і внутрішнє змогли ефективно взаємодіяти, щоб людина поводилась відповідно до божественного призначення, вона спочатку повинна пізнати сам факт існування цих двох натур.

Сковорода виокремлював два шляхи пізнання:

1) шлях формування умовиводів, висновків про існування у світі певних внутрішніх сил і причин, які зумовлюють все, що в ньому відбувається. Отже, пізнаючи закони світу, людина пізнає і його божественну сутність. Проблема цього способу відкриття божественної натури полягає в тому, що достеменно невідомо, скільки законів природи людині слід відкрити для того, щоб дійти висновку про наявність і тим більше — зміст її єдиної та вічної внутрішньої причини;

2) шлях самопізнання, який швидкий і простіший порівняно з першим. Якщо божественна сутність пронизує собою весь світ, то якась її частина є і в людині. Унаслідок цього Сковорода доходить висновку, що, пізнаючи себе, людина пізнає божественну природу, а разом з нею — і природу всього світу, всього, що існує.

У контексті ідеї переходу від однієї натури до іншої стає зрозумілим ще один важливий для Сковороди комплекс ідей — його вчення про три світи (всесвіт, людину і символічний світ, який Сковорода асоціював з Біблією). Підставою для виокремлення цих трьох світів і причиною несуперечності теорії трьох світів вченню про дві натури, є те, що вчення про дві натури тлумачить світ з погляду вічності, тобто універсально. Саме так сприймає світ Бог. Для нього не існує малого чи великого, а з огляду на тотожність його власної природи з природою світу йому немає потреби цей світ пізнавати. На відміну від вчення про дві натури вчення про три світи — це погляд на буття з позиції людини, адже вона не здатна охопити самим зором всі причини і наслідки, все, що існувало, існує і буде існувати. Більш того, вона відчуває й усвідомлює свою відокремленість від світу, що створює основу для того, щоб вона сама сприймала себе як світ. Тому Сковорода і пише про два світи, одним із яких є людина, а іншим — все те, що її оточує. Для того щоб їх можна було якось розмежовувати, він застосовував поняття «мікрокосм» (людина) і «макрокосм» (всесвіт).

Крім цих двох світів, існує ще один, потреба в якому зумовлена тим, що людина потребує допомоги в пізнанні світу. Тобто повинно існувати щось, що спрямовувало б людину в її пізнанні та допомагало у відкритті нетлінної природи себе і навколишнього світу. Цим третім світом є світ символів — світ сутностей, завдання яких полягає у відсиланні людини до іншого (божественного) світу. У цьому контексті цілком зрозуміло, чому Сковорода асоціював символічний світ саме з Біблією.