Особливе місце у репрезентованій могилянцями системі світів посідав мікрокосм — малий світ, тобто людина, яка є невід´ємною часткою великого світу (мікрокосмом у макрокосмі), живе і розвивається за законами природи. Відтворюючи структуру універсуму, людина є досконалим створінням, одночасно причетним до тілесної і духовної природи. Як і великому світові, їй притаманні доцільність своєї будови, краса, вишуканість, впорядкованість й узгодженість всіх органів та їх функцій. Як і універсум, що складається з матерії і форми (її репрезентує єдність закономірно функціонуючих форм — ідей, що походять з Божого розуму), так і людина є поєднанням спільної для неї і світу загальної матерії й душі — форми. Як світ насичений божественними енергіями, так і людина наповнена душею, завдяки якій вона живе, відчуває і мислить. Включеність людини у світ природи, єдність макро- і мікрокосму, структури живої та неживої природи могилянці обґрунтовували відповідністю між стихіями (елементами великого світу) і основними рідинами (гуморами) людського тіла. Вони були переконані, що елементарному (вогняному й повітряному), а також небесному (сонячному) теплу відповідає вроджене тепло живих істот, у т. ч. й людини.

Більшість могилянців, згідно з традицією схоластичного арістотелізму, визначаючи душу як «форму органічного тіла», «принцип, завдяки якому ми живемо, відчуваємо, рухаємося і розуміємо», обстоювала ідею цілісності й неподільності душі, виокремлюючи в ній три частини (роди): вегетативну, чуттєву і раціональну. Вважаючи душу формою божественною і безсмертною, яка після смерті людини повинна повернутись в інтелігібельний (умоглядний) світ духовних сутностей, вони були переконані, що природним призначенням душі є її знаходження у людському тілі. Розмірковуючи про виникнення зв´язку душі з тілом, що обумовлював формування живої, одушевленої істоти, Інокентій Гізель припускав, що органічне тіло, формою якого є душа, є упорядкованою матерією з характерною для неї відповідною структурою органів і необхідною підготовленістю до сприйняття душі, тобто це тіло він уважав живим лише потенційно. Справжнє життя починається на тій стадії ембріонального розвитку, коли вже сформовані всі органи людського тіла, і з приходом душі виникало його вегетативне, чуттєве, а після народження людини — розумне життя. Ця теза є свідченням зародження ідеї розвитку людини, осмислюваної в контексті схоластичної парадигми філософування.

На думку могилянців, єдина раціональна душа, що вводиться у людське тіло на прикінцевій стадії ембріонального розвитку, надаючи йому життя, здійснює функції трьох своїх частин — спочатку вегетативні, потім — чуттєві, а ще пізніше — функції мислення. Стосовно появи душі в тілі Інокентій Гізель висловлював припущення про можливість її внутріматеріального, а не до- чи позатілесного творення. Єдина душа, розлита по всьому людському тілу, як вважав він, перебуває у серці, виконуючи роль двигуна, в інших частинах вона є формоутворювальним, організуючим принципом.

Після об´єднання з тілом душа, як вважали могилянці, виявляє себе з допомогою п´яти своїх здатностей: вегетативної, чуттєвої, розумової, здатності потягу (прагнення) і просторового переміщення. Вегетативну здатність приводить у дію вроджене тепло, що є основним механізмом усіх життєвих функцій людини. Природними чинниками пояснював Інокентій Гізель тривалість людського життя. Людина, вважав він, може жити так довго, як довго основна рідина зможе підтримувати життєве тепло в організмі. У такий спосіб (за допомогою жару, кипіння крові й духів) відбувається рух легенів і серця. Важливу роль у підтриманні й поновленні життєво важливої основної рідини Інокентій Гізель відводив їжі, яка «має бути фізичним тілом, бо вона повинна перетворитися на субстанцію живої істоти, що також є фізичним тілом». Отже, процеси живлення, що відбуваються в живих істотах, підлягають тим самим природним закономірностям, що й процеси обміну речовин у неживій природі великого світу.

«Так, із різних земних соків, — стверджував Георгій Щербацький, — завдяки одному лише їх проціджуванню у волокнах дерева виникає кора або тверда оболонка, з хліба та їжі — хілюм (chylum), кров, кістки і м´ясо. Отже, завдяки переміщенню частинок, їх видозміні або новому порядку, а також будь-якій іншій зміні форми чи їх розташування щоденно відбуваються ці явища. Так само це зазвичай стається і за будь-яких інших змін та виникнень чуттєвих тіл».

Крім здатності живлення, значну увагу могилянці приділяли здатностям росту і розмноження. Так, Георгій Кониський намагався відтворити ембріональну стадію розвитку людини у трактаті, присвяченому розглядові живого тіла.

Розмірковували могилянці і над анатомо-фізіологічними властивостями людини. Докладно описуючи будову її тіла, вони найбільшого значення надавали серцю і мозку. Мозок вони вважали органом внутрішнього чуття, що збирає, впорядковує і розрізняє дані зовнішніх чуттів і яке вони називали «спільним чуттям», що сприяє, на їх думку, формуванню судження. Мозок могилянці поділяли на дві частини: передню і більшу — мозок; задню і меншу — мозочок. До цього вони додавали «продовгастий мозок, який є наче основою мозку і простягається від передньої частини, звідки виходять зорові нерви, у спинний хребет...».

У кровообігу могилянці виокремлювали три різновиди судин: артерії, вени і нерви (їх також вважали судинами), стверджували, що «усі артерії, як від кореня, беруть свій початок від аорти, або з великої артерії, що з´єднується з лівим шлуночком серця (адже серце має два шлуночки)». Усі вени, на думку, наприклад, Георгія Щербацького, «як у стовбурі, закінчуються у порожнистій вені, що прилягає до правої пазухи серця, або шлуночка. Отже, кров, виштовхуючись із лівого шлуночка серця поодинокими ударами пульсу, переганяється в аорту, або в велику артерію, після цього до інших менших артерій і передається до найвіддаленіших частин. А через те, що вона постійно відганяється серцем, то, досягнувши найвіддаленіших частин тіла, з допомогою невідчутних рухів плоті якось проходить у найтонші жилки, які тому й називаються капілярами, після цього проходить з менших вен у більші і, зрештою, потрапляє у порожнисту вену, з якої повертається до правого шлуночка серця. Від останнього через легеневу артерію кров надходить у легені, а з них через легеневу вену повертається до лівої пазухи серця. Звідти знову по артеріях тече до найвіддаленіших частин тіла, а від них у процесі безперервного руху по колу по венах повертається до серця. Після того ж, як кров по артерії, що називається сонною, доходить до мозку, тонші її частини зосереджуються у мозкових залозах і утворюють найніжнішу субстанцію, що має назву анімального духу».

Анімальним духам відводилась важлива роль у процесі чуттєвого пізнання. Чуттєву сферу вони поділяли на зовнішню і внутрішню. До зовнішніх органів чуття зараховували зір, слух, смак, нюх і дотик, до внутрішніх — спільне чуття, фантазію, оцінювальну спроможність і розмірковувальну здатність. Визнаючи важливе значення діяльності органів чуття у пізнавальному процесі, могилянці надавали пріоритет незалежному від чуттєвого досвіду інтелектуальному осягненню істини. Припускали вони певний зв´язок між чуттєвим та інтелектуальним пізнанням, визначаючи, що таке внутрішнє чуття як фантазія певним чином впливає на утворення активним інтелектом інтелігібельних образів.

За всіх відмінностей в інтерпретації філософами Києво-Могилянської академії проблеми людини спільним для них є розуміння її як виняткової частки природи, підпорядкованої її законам, яка містить у собі і протилежний матеріальній природі, наданий Богом і споріднений з ним розум. Адже як Бог зосереджує в собі ідеї речей, що обумовлюють великий світ, їхнє знання і здатність до творення, так і людський розум спроможний до творчості, сприйняття речей навколишнього світу і містить їхнє знання, що за певних умов може бути розкритим і осягнутим.

Пізнавальна діяльність, метою якої було здобуття істини, мислилася києво-могилянськими професорами як складний процес, етапами якого є чуттєве, раціональне та інтуїтивне пізнання. На відміну від своїх вітчизняних попередників важливим джерелом пізнання вони вважали чуттєвий досвід.

Більшість викладачів академії, чиї курси філософії читали упродовж XVII ст., описувала процес пізнання, використовуючи поширену у схоластиці теорію образів (species). Це поняття розуміли як сполучну ланку між суб´єктом і об´єктом пізнання, воно було замінником предмета, завдяки якому його можна було осягнути настільки, наскільки він поєднувався з суб´єктом пізнання. Адже поєднання предмета пізнання із його суб´єктом було необхідною умовою віднайдення істини. Так, Інокентій Гізель вважав, що речі зовнішнього світу, діючи на органи чуття людини, посилають чуттєві образи. Потрапляючи на якийсь з органів чуття, чуттєві образи «відтискаються» на ньому і стають закарбованими образами (species impressae), які, діючи на відповідний орган чуття, викликають відчуття, внаслідок чого ці закарбовані образи стають вже відображеними (species expressae). Отже, процес пасивного сприйняття species переходить в активне утворення розумом форми речі. На цій стадії формоутворення відображені образи, що містять певну інформацію про річ, стають об´єктом діяльності внутрішнього чуття.

У структурі внутрішнього чуття залежно від функцій, які воно виконує, Інокентій Гізель виокремлював п´ять підвидів:

1) загальне, або спільне, чуття (sensus communis) — внутрішнє чуття, з допомогою якого одухотворена істота диференціює відчуття і формує уявлення про об´єкти зовнішніх чуттів, до яких залучалися зір, слух, нюх, смак і дотик;

2) фантазія, або здатність уяви (imaginativa) — внутрішнє чуття, завдяки якому жива істота на основі сприйнятих раніше образів створює для себе інші різноманітні образи;

3) пам´ять — властивість відтворювати минулі події;

4) оцінювальна спроможність (aestimativa) — здатність, що уможливлює використання сприйнятих образів з метою оцінювання й осягнення інших речей;

5) розмірковувальна здатність — властиве людині внутрішнє чуття, що діє разом з інтелектом.

Із діяльністю внутрішнього чуття Інокентій Гізель пов´язував наступний етап пізнання зовнішнього світу — раціональне пізнання. Відображені образи зовнішнього чуття, які є формальним відображенням речей, діючи на внутрішні чуття, утворюють відображені образи, що через складну одночасну взаємодію з активним інтелектом сприяють утворенню цим інтелектом більш досконалих і простих (інтелігібельних, умоглядних) образів (інтелект професори академії, згідно з традицією середньовічної філософії, поділяли на активний і пасивний). Далі ці образи сприймаються пасивним інтелектом і слугують пізнанню «сущого як такого, найбільш загальної основи, що абстрагується від сущого матеріального й духовного, створеного й нествореного, загального й одиничного, природного й надприродного, субстанції й акциденції».

Згодом професори Києво-Могилянської академії, які читали свої філософські курси у XVIII ст., заперечували концепцію образів (species) і спростували пояснення механізму відчуттів за допомогою імпресивних та експресивних образів. Так, Георгій Кониський вважав, що відчуття виникають в органах завдяки модифікації анімальних духів, яка настає або внаслідок безпосередньої дії об´єктів (дотик, смак), або за допомогою модифікованого об´єктом середовища (зір — через світло, слух — через рухоме повітря). Ця концепція мала на меті усунення зайвих проміжних ланок між об´єктом і суб´єктом сприйняття і насамперед імпресивних образів. Негативно ставився Георгій Кониський і до поділу інтелекту на активний і пасивний. Визнаючи інтелект як духовну пізнавальну здатність, властивість раціональної душі, що є дотичною до інтелігібельного, він стверджував: «Інтелект, оскільки він є духовною здатністю, а фантастичні уявлення — матеріальні, і до інтелекту, здається, вони не стосуються, перипатетики ділять на агента й пацієнта. За Арістотелем (кн. 3 "Про душу", розділи 5 і 6) вчать, що інтелект-агент — це та властивість, якою душа виводить духовний інтелігібельний образ тієї речі, що схоплена відчуттям. А інтелектом-пацієнтом називається та властивість, яка приймає в себе образи, виведені інтелектом-агентом, і збуджує розуміння...».

Чуттєвому пізнанню професори Києво-Могилянської академії надавали важливого значення, оскільки, на їх погляд, даючи інформацію про зовнішній світ, воно створює засади для діяльності мислення. Мислення в процесі оброблення даних чуттєвого сприймання виокремлює як індивідуальні форми речей «оцейності» (haecceitates), що фіксують унікальність, неповторність речі, і завдяки абстрагуванню загального, що міститься у чуттєвих образах, створює передумови для вичленування форм, які містять смислову, видову визначеність речей, «щойностей» (quidditates), різного рівня ідей — універсалій, прообразів речей, запрограмованих у Божому розумі. Розв´язання проблеми пізнання Інокентій Гізель пов´язував із чуттєвим пізнанням і тому, що виверження активним інтелектом умоосяжних інтелігібельних образів узалежнював від накопичення фантазією уявних образів (phantasmata). Попри це, він застерігав, що фантазія дотична до утворення інтелігібельних образів лише як організувальне начало, як спонукання, а пасивний інтелект, отримавши від активного інтелігібельні образи, за допомогою дискурсу добуває із себе власні абстрактні образи.

Пізнати істинне буття, що Інокентій Гізель і його колеги вважали вищою метою філософії, а також сутності речей навколишнього світу інтелект повинен насамперед із себе самого, оскільки вони були його вмістом, знаходились у ньому, а онтологічні аналоги цих понять містились у речах навколишнього світу. На цій підставі Інокентій Гізель стверджував, що інтелект лише в тому сенсі і доти є чистою дошкою, на якій нічого не написано, доки він не визначився щодо об´єкта свого пізнання за допомогою інтелігібельних образів. У процесі пізнання пріоритетного значення він надавав не дії зовнішніх об´єктів, а самовизначеності інтелекту щодо цих об´єктів.

У філософських курсах професорів Києво-Могилянської академії об´єкт постає як перешкода, що зупиняє спрямовану назовні пізнавальну здатність і зосереджує на собі її дію. Однак для вибору цього об´єкта необхідні активність, дієвість інтелекту. На думку Стефана Яворського, інтелект повинен заволодіти об´єктом, наприклад як рука бере якусь річ. Теофан Прокопович стверджував, що лише ту річ можна вважати об´єктом пізнання, на яку спрямовані пізнавальні зусилля інтелекту. Тому самовизначеність інтелекту відіграє провідну роль у процесі пізнання світу.

Загалом київські вчені розрізняли розум, який мислить поняттями, пов´язаними із сприйняттями, і розум споглядальний (спекулятивний). Перевагу вони надавали споглядальному розуму, оскільки були переконані у перевазі світу умоосяжного над чуттєвим. Цей розум оперує такими поняттями, що є поняттями про поняття, тобто такими, які утворюються внаслідок спрямованості думки не на предмет, а на саму думку, що осягає цей предмет. Отже, спекулятивний розум вони розуміли як саморефлектуюче мислення.

Спекулятивний розум пізнає метафізичні істини, дискурсивний (розмисел) — логічні істини. Під метафізичною істинністю могилянці розуміли відповідність не пізнання об´єкту, а об´єкта — пізнанню. Ішлося про істинність буття залежно від того, відповідає чи не відповідає воно божественним поняттям та ідеям. «Метафізична істинність... — це відповідність речі своєму зразкові, тобто божественній ідеї», — стверджував Георгій Кониський. Логічна істинність у їх розумінні — це відповідність логічних операцій об´єктам, світові речей, природі, тим онтологічним аналогам понять людського розуму, що утворюють сутності речей.

Важливого значення професори Києво-Могилянської академії надавали методові пізнання — способу знаходження невідомого через відоме. Таким способом дослідження, застосовуваним усіма науками, вони вважали логіку, в якій найбільша увага приділялася силогістичному дедуктивному виводу. Адже їхнє розуміння методу ґрунтувалося на арістотелівському вченні. Крім цього, як методи дослідження і як способи викладу матеріалу вони використовують аналіз і синтез. «Метод або прийом, — стверджував Стефан Калиновський, — буває подвійним... перший прийом від принципів (a principiis), а другий — до принципів (ad principia). Перший — це такий, коли ми досліджуємо якусь річ, починаючи від принципів. Цього методу дотримувався філософ Арістотель у спекулятивних науках». Поглиблений інтерес до математичних методів виявляв Теофан Прокопович, характеризуючи істинне пізнання як певне, очевидне і вірогідне. На його думку, ясність і очевидність випливає з природного процесу пізнання, в якому безпосереднє сприйняття предмета спонукає природне світло розуму узгоджувати з ним логічні операції. Подібний шлях здобуття істини обґрунтовував у своєму філософському курсі Георгій Кониський.

Інтуїтивне осягнення істини розумілося професорами академії як Боже осяяння, без якого неможливе метафізичне пізнання. Якщо дискурсивне пізнання повинно було забезпечити логічне обґрунтування істини, її пошуки шляхом розмірковування й доведень, то інтуїтивне — миттєве осягнення істини через осяяння, світло. Концепцію світла (lumen) було докладно розроблено в схоластиці. Призначення lumen — зробити річ видимою і доступною для пізнання. Тома Аквінський розрізняв інтелектуальне світло (lumen intellectuale), яке уможливлювало розумове пізнання і благодатне світло (lumen gratiae), що давало змогу осягнути істини віри. Важливу роль відігравала теорія світла і в містичній традиції.

Поняття «lumen intellectuale» фігурувало і у філософських курсах Києво-Могилянської академії, де воно переважно називалося природним світлом розуму, що осяває інтелект під час дискурсу. Первинною і найважливішою у розумінні істини для них була мить інтуїтивного осяяння, зв´язку людського і надприродного Розуму, відкритості людського розуму щодо Бога, яка приходила під час наповнення або переповнення інтелекту світлом, уможливлювала осягнення людиною закладеної в ній істини.

Суттєві особливості мало розв´язання проблеми пізнання у філософському курсі Георгія Щербацького, прочитаного ним у 1751 р. і орієнтованого на картезіанське вчення. Дослідницький інтерес філософії, на його переконання, спрямований на пізнання насамперед навколишнього світу і людини на основі людського розуму, керованого єдиним методом. Цей метод повинен спиратися на самосвідомість, сутність якої виражена картезіанською формулою «Я мислю, отже, я існую» (Cogito, ergo sum). Прийнятність для Георгія Щербацького цього судження як вихідного положення філософії і методу пізнання обумовлюється органічною для української філософської думки ідеєю переваги умоосяжного світу над чуттєвим, усвідомленням онтологічної значущості «внутрішньої людини», реалізованої у самосвідомості.

Продуманий шлях (метод), вважав Георгій Щербацький, потрібний для того, щоб з його допомогою так організувати мислення, щоб не підтвердити нічого напівістинного, щоб все було з´ясоване нами не поспіхом, а ретельно. Проте неможливо опанувати його, якщо знову не розглянути те, що уявлялося вірогідним. Адже тільки новий і вичерпний аналіз дасть змогу відокремити істинне і певне від хибного і сумнівного.

Принцип очевидності Георгій Щербацький, як і Р. Декарт, ототожнював з природним світлом розуму або зі світлом філософії (ясними і чіткими ідеями). Із виокремлення таких ідей шляхом відкидання усього сумнівного повинна починатися пізнавальна діяльність людського мислення. Не можна сумніватися в усьому, стверджув він, зокрема тоді, коли певні принципи очевидні і унеможливлюють сумнів стосовно них. Наприклад, не можна сумніватися в тому, що ціле більше за свою частину, що дух потребує мислення, а тіло — протяжності. Адже в очевидній і виразній ідеї цілого вичленовується частина, з якої воно складається; в ідеї духу вбачається мислення, в ідеї тіла — обмежена протяжність. Все, що ясно і виразно виявляється причетним до певної речі, є істинним щодо неї або може бути незаперечно утвердженим як істинне стосовно неї.

Вміст природного світла розуму складають ясні і виразні вроджені ідеї. Серед них Георгій Щербацький виділяв ідею Бога, а також ідею істинного і хибного, яка скеровує філософа до істини і запобігає виникненню помилок або сприяє їх виправленню. Завдяки зосередженій пізнавальній діяльності, побудованій на розмірковуванні й умовиводах, з´являється ясне й виразне розуміння. Воно виникає з глибинного внутрішнього відчуття душі або свідомості. «Знання про якусь річ залишається дуже невиразним для людини, яка ще не бралася [до її розгляду]. Коли ж вона [людина] попередньою ретельною працею здобуде собі право на цю річ, вона виразно постане у її свідомості, як тільки виникне бажання сконцентрувати на ній увагу...». Будь-яке пізнання, якщо воно істинне й вірогідне, спирається на більш надійну основу, ніж свідчення відчуттів, а саме «на свідомість або глибинне почуття душі чи ясне й виразне розуміння». Це відчуття і є справжньою основою для схвалення здобутого результату.

Георгій Щербацький визнавав необхідність чуттєвих даних для пізнання багатьох речей — фізичних, моральних чи політичних. Спираючись на вчення Р. Декарта, він заперечував традиційне розрізнення розуму і душі, поділ пізнання на чуттєве й розумове. Чуттєве пізнання, за його словами, підпорядковується мисленню. Мислення, яке не використовує тілесних образів, називається інтелектом, якщо воно повеліває, іменується волею; коли сприймає через образи або уявлення, вважається фантазією; якщо пригадує в разі душевних порухів або слідів, утворених у мозку, називається пам´яттю. У такий спосіб мислення бачить за допомогою очей, чує вухами, відчуває запах носом, смак — язиком, торкається руками, ногами та ін. Якщо воно дізнається щось про себе за допомогою внутрішнього чуття, розмірковує і таким чином розуміє, що воно є, розмірковує, відчуває радість, біль тощо, то воно є свідомістю.

Отже, визнаючи необхідність чуттєвого досвіду, Георгій Щербацький був переконаний у тому, що «є пізнання очевидне, тобто безсумнівне й прозоре, або оперте на очевидні і незаперечні засади». Це пізнання спирається на таку надійну основу як природне світло розуму. Вся наполеглива праця дослідника, здійснювана за допомогою правильного методу, спрямована на виведення й обґрунтування вроджених людині ідей. Джерелом цих ідей не може бути відчуття. Істинне знання, вважав Георгій Щербацький, досягається через розуміння, осягнення за допомогою природного світла розуму. Такому осягненню сприяють дискурсивне пізнання, ретельна праця дослідника, пов´язана з розмірковуванням і логічним аналізом. Для того щоб сутність речей виразно постала у свідомості людини, щоб виникло пов´язане з природним світлом розуму її глибинне значення, потрібно, щоб Бог як винагороду за пізнавальні зусилля дослідника шляхом миттєвого осяяння його розуму розкрив, уможливив для нього осягнення цієї суті і щоб речі підкорилися зусиллям мислення, як тільки людина зосередить на них свою увагу. Тому інтуїтивне пізнання, здійснюване через миттєве осяяння, є первинним у пізнанні, обґрунтування ж — вторинним, логічним оформленням знайденого результату шляхом аналізу і стрункого доведення.

Вчення про природне світло розуму, що реалізує свої можливості через миттєве осяяння, близьке українській духовній традиції через наявний у ньому специфічний синтез схоластичної концепції lumen naturale з картезіанською теорією вроджених ідей, адже він породжував аналогії з містичним розумінням процесу пізнання, характерним для домогилянського періоду розвитку вітчизняної думки. Філософський курс Георгія Щербацького містить своєрідний аналог lumen gratiae (благодатного світла), що засвідчують його розмірковування про пізнання істин віри. «Є пізнання очевидне, тобто безсумнівне й прозоре або оперте на очевидні й незаперечні засади. Воно відрізняється від богонатхненної віри, істинної й вірогідної, але водночас і незбагненної. Так, істинним і вірогідним є те, що у найсвятішій Трійці наявна єдина природа і три іпостасі, одначе це незбагненно, і надається воно до пізнання не за допомогою ясного розуму, а через божественне навіювання, здатне розкрити сокровенне». Отже, крім природного світла розуму, що забезпечує наукове пізнання, існує ще божественне навіювання, яке уможливлює пізнання релігійних істин.

Загалом філософський курс Георгія Щербацького дає підстави стверджувати, що в українській думці досить впевнено прокладав собі шлях раціоналістичний погляд на філософію як науку, що ґрунтується на істинному вірогідному пізнанні за допомогою єдиного методу, заснованого на принципі очевидності. Отже, традиція схоластичного арістотелізму, що набула в Україні XVII ст. завершеної форми, у XVIII ст. переходила в новітній раціоналізм, ускладнений органічною для української духовної традиції неоплатонівською ідеєю пріоритетності інтуїтивного осяяння і другорядності дискурсивного мислення щодо глибинних пізнавальних процесів.