Критикуючи церковну ієрархію й часто вступаючи з нею у конфлікти, братчики, як і західноєвропейські реформатори, боролися не проти віри, а за «істинну» віру, яку намагалися зміцнювати шляхом повернення їй простоти і чистоти первіснохристиянських часів. Ця віра мала бути не «тілесною», ґрунтуватися не лише на обрядах і церемоніях, а на внутрішньому переконанні кожного віруючого та його індивідуальному духовному спілкуванні з Богом. Відстоюючи православ´я в боротьбі проти католицизму і протестантизму, братчики прагнули зберегти і захистити віросповідні принципи, обрядовість, сприяли їх консервації. Виховуючи в такому дусі молодь, ідеологи братств хотіли, щоб молоді покоління «не пили з чужого джерела». Тому вони звертаються до греко-слов´янських традицій духовного життя українського народу, до богословських, філософських, естетичних ідей східної патристики, культури й політико-правових уявлень періоду княжої доби. Без опори на традицію духовного і культурного життя своїх предків, без її захисту народ не міг вижити й зберегти себе, однак акцент на її збереженні гальмував подальший розвиток, сприяв властивій феодалізму конфесійній замкнутості культури. Орієнтація на далеке минуле, намагання його зберегти, замкнутість життя громад значною мірою були притаманні антитринітаріям та іншим радикальним напрямам Реформації.

Ідеї неоплатонізму, які поділяли християнські автори (еманативність божества, незбагненність і непізнаваність суті енергії та її явищ, ієрархічність небесних духовних сил тощо), були поширеними і серед братчиків. Авторитетом у питаннях про суть єдиного Бога, його множинності в Трійці, що обговорювалися у зв´язку з догматичними дискусіями про походження Святого Духа, був Діонісій Ареопагіт. Особливу популярність мали його твори «Про божественні імена» та «Про небесну ієрархію». У питаннях етики, внутрішніх стосунків у християнській громаді, які у вітчизняній культурі завжди мали першорядне значення, перевагу віддавали Іоанну Златоусту. Його праця «Про священство» була видана в Острозі, «О воспитании чад» — у Львові, а на початку XVII ст. значна кількість інших творів — у Києві. При розгляді проблем самопізнання і морального самовдосконалення, душі й свободи волі братчики зверталися до отців-каппадокійців Василія Великого, Григорія Назіанзина, Григорія Нисського, а також Максима Сповідника, Єфрема Сіріна, Іоанна Листвичника. Значна увага після Діонісія Ареопагіта приділялася Іоаннові Дамаскіну, «діалектику» якого використовували у братських школах як підручник.

Братчики поширювали в списках і видавали твори не лише отців східної церкви, а й греко-візантійських авторів пізнішого періоду, рукописи яких надходили з Афону. До них належав і твір святогорця, можливо, українського походження Фікари «Вертоград душевний», виданий 1620 р. в друкарні Віленського братства і розповсюджений в Україні. Передмову до нього написав діяч Віленської братської школи Леонтій Карпович. Крім визначення Бога як творця і «всемудрого изящного художника», у Вертограді його характеризують як всюдисущого і всепроникаючого «безначального оума», джерела світла, яке «ність свет вещественный или солнечный», а «присносущное сияние». Бог постає не лише як закономірність, а і як те, що зберігає незнищуваність буття за всієї конечності окремих створінь. Фікара розвивав вчення про стихії, їх рух, протиборство, а також єдність і світову гармонію, що забезпечуються Богом, який «неизреченным дружества законом воєдино общенє странноліпно противные стихия связавый и неравночестный видимый сей мир согласен создавый». Макрокосм і світ зла не тотожні: макрокосм має божественне походження, а світ зла (диявола, нечистих сил) пов´язаний не із космічним, а із суспільно-моральним корінням. Завдання полягає в тому, щоб вивести людину зі світу зла, наблизити до Бога. Для цього необхідне зречення світу зла, замкнення у сфері власної духовності, самовдосконалення і самозаглиблення, бо, хоч за своєю суттю Бог «неизслідимый, неописанный, невідомий і несказанный, непостижимый оум», при зосередженні на прагненні до єднання з ним усіх почуттів і думок людини він постає перед нею у всіх виявах та іменах.

Протидіючи наступу католицизму, теологічне вчення якого обґрунтовувалося й удосконалювалося за допомогою логіки і філософії в західноєвропейських колегіях та університетах, братчики прагнули подолати його ідейним арсеналом православного богослов´я, української культурної традиції. Однак ця традиція ще не виокремлювала філософію як форму суспільної свідомості. Розвиваючись у надрах недостатньо диференційованого ідеологічного феномену під егідою богослов´я, вона була відома українському народові як мудрість, суспільно-побутовий досвід, життя в істині. Певну своєрідність мала тогочасна українська філософська думка у поглядах на розв´язання проблеми Бога і людини, її суспільної і моральної поведінки, історіософії. Однак проблеми логіко-дедуктивного виведення і методу, натурфілософії та метафізики, що розроблялися в західноєвропейській схоластиці, східні слов´яни у XIV—XVI ст. майже не досліджували. Оскільки все це використовували ідеологи католицизму, то братчики сприймали логіку, вчення про зовнішню природу як щось чуже, вороже, як людський вимисел («плотское мудрование»), спрямовані проти божественної істини, даної в Біблії і творах отців східної церкви. Це було певним розв´язанням проблеми співвідношення філософії і богослов´я, відображеним у багатьох тогочасних творах. Воно зумовлене функцією збереження, консервації попередньої культури, яку взяли на себе братства.

Прикладом такого вирішення зазначеної проблеми і є полемічний твір «Пересторога», автором якого одні дослідники вважають Йова Борецького, інші — Юрія Рогатинця. Відомо лише, що він був діячем братського руху. Аналогічний підхід до розв´язання проблеми наявний і в «Алфавіті духовному» українського письменника Ісайї Копинського (?—1640). Розрізняючи розум «світу цього» і розум «духовний», якому навчаються, на думку автора, від Святого Духа, він з обуренням зазначав, що «днесь же не от Духа святого, но от Аристотеля, Цицерона, Платона и других языческих любомудрцев разума поучатся. Сего ради до конца ослепоша лжею и прельстишася от пути правого в разуме». Такі висловлювання, як і поради Івана Вишенського Львівському братству зосередити навчання у братській школі на граматиці, Часослові, Псалтирі, Катехізисі й не вдаватися до зовнішньої філософії поганських Арістотелів і Платонів, визначали основний зміст тогочасної полемічної літератури.

Критикуючи застосування логіки і силогізмів, твори Арістотеля та інших античних філософів, братчики виступали проти філософської зброї контрреформації, соціальних сил, які здійснювали експансію на українські та білоруські землі. Однак ця критика велася за допомогою філософських уявлень і категоріального апарату нижчого рівня проти вищого. Братчики ще не сприйняли досягнуті схоластикою результати опрацювання проблем універсалій, логіко-дедуктивного виведення, натурфілософії і метафізики, а також розширення світогляду, яке розпочали мислителі Відродження внаслідок звернення до античності.