Однією з найхарактерніших ознак братського руху на ранніх етапах, що розгортався в атмосфері міських антифеодальних заворушень і селянсько-козацьких війн, була реформаційна спрямованість ідеології і суспільно-політичної діяльності братств. Протистояння братчиків і церкви відбувалося за такими напрямами:

а) боротьба проти ідеологів католицької церкви, передусім ідеологів контрреформації, які обґрунтовували теократичні прагнення Ватикану, його експансіоністську політику щодо України;

б) виступи проти православної церкви, що переживала глибоку кризу, без яких реформаційний рух в Україні і Білорусі зводився б лише до впливів західноєвропейських реформаційних течій. Ідеологи братств критикували православних ієрархів за відхід від віри предків, нехтування звичаями, мовою, політичною організацією свого народу. Ця критика мала не лише політичні, а й соціальні мотиви: православне духівництво засуджували за визискування і гноблення народу, переслідування передусім своїх майнових інтересів. Особливо гостро критикували братчики розпусту, малоосвіченість кліру;

в) осуд творів ідеологів нової реформаційної церкви — М. Лютера, Ж. Кальвіна, У. Цвінглі, польських антитринітаріїв (С. Будного, М. Чеховця) та їхніх ідейних спадкоємців. Однак ця тема не була першорядною у творах діячів братств.

Найрадикальнішими і суголосними реформаційним ідеям були погляди дидаскала (учитель у братських школах) й проповідника Львівського, а згодом і Віленського братства Стефана Зизанія. Його твір «Катехізис» був знищений, а сам він 1599 р. відлучений від церкви митрополитом Михайлом Рогозою. Проповіді, які Стефан Зизаній проводив з іншими братчиками, у т. ч. із Юрієм Рогатинцем, містили критику католицької і православної церков, їх ієрархій, кліру, передусім верховної влади і теократичних зазіхань на християнський світ Папи Римського. Церкву Стефан Зизаній критикував на основі концепції загального священства, принципу соборності, згідно з якими управління справами віри і церкви мають здійснювати не один чи певна кількість верховних пастирів, а всі віряни, більшість яких становлять не священики, а миряни.

Відрізняється від ортодоксальної християнської інтерпретації і розуміння Стефаном Зизанієм тринітарної проблеми. На відміну від усталеного в церкві тлумачення іпостасей Трійці рівними, що перебувають у повній субординації, коли перше місце посідає Бог-Отець, друге — Бог-Син і третє — Святий Дух, він уважав усіх осіб Трійці не лише рівноправними, а й окремими, чим тяжів до ранніх тринітаріїв. В іншому своєму творі «Казачье св. Кирилла» митрополит всупереч християнському віровченню стверджував, що душа не може існувати окремо від тіла, вмирає разом з ним і воскресне разом із тілом тільки перед Страшним судом. Висловлюючи думку про можливість тимчасової смерті душі після смерті тіла, Стефан Зизаній певною мірою заперечував безсмертя душі і потойбічне життя, а загалом — християнське вчення про воздаяння.

Ідею смертності душі разом із тілом та її подальше воскресіння разом з ним на Страшному суді обстоював також невідомий автор «Душевника», написаного 1607 р. в Замості (там 1606 р. виникло православне братство) і підписаного криптонімом «Г. Т.». Автор вважав себе виразником «істинного православ´я» і всі свої висновки обґрунтовував посиланнями на Біблію. Ідею смертності людської душі обґрунтовували на Заході представники латинського аверроїзму, П. Помпонацці, вихованці Падуанського університету, радикальні польські антитринітарії (М. Чеховець, Г. Павел) та ін.