На XYI-XYII ст. припадає розклад феодальних відносин та становлення буржуазного суспільства. Разом з буржуазними перетвореннями відбуваються зміни у людській свідомості, що виявляється у новому баченні місця людини в світі та історії. Важливу роль у становленні нового світобачення відіграв перехід від теоцентричного світогляду до антропоцентричного та механістичного, що яскраво виразилося у вченні гуманізму та формуванні першої наукової картини світу. Ідеалом гуманізму виступає всебічний і гармонійний розвиток вільної особистості, що передбачає свободу волі та совісті. Філософія починає всіляко підносити значущість земного життя людини, наполягати на її творчому призначенні в цьому світі. Релігія поступово починає розумітися як сфера, що відає людською моральністю. Загальнолюдські цінності стали мірилом соціального буття. Це стимулювало теорію та практику антиклерикалізму, приводило до секуляризації (звільнення від диктату церкви) суспільства, поширювало ідеї свободи віросповідання.

Реалії буржуазного суспільства вимагали проведення змін у релігійному житті. Під цим гаслом у Європі виникає масовий релігійний рух Реформації, що мав виразну антикатолицьку спрямованість. Початком Реформації стали віттенберзькі тези (1517 р.) німецького ченця, доктора теології Мартіна Лютера, в яких свобода совісті була пов´язана з вимогою вільної проповіді та безперешкодного поширення Святого Письма. Томас Мюнцер, який очолив боротьбу селянських мас за політичні та соціальні реформи, вимагав рівності всіх перед Богом і навіть всіх на землі, а також проголошував, що людина повинна мати свободу вибору віросповідання.

Історичною заслугою Реформації можна вважати появу в житті суспільства поняття “свободи віросповідання” у формі вільного вибору віруючим однієї з релігійних конфесій. Діячі Реформації також продовжили Біблієзнавчу діяльність, оскільки відмовились визнавати канонічними писання Св. Отців, а існуючи переклади Біблії вважали неточними, недостатньо перевіреними.

Вільна думка доби Відродження була тісно пов´язана з досягненнями у сфері природознавства, які відкривали нові горизонти в осягненні таємниць світобудови. Особливе місце тут належить польському астроному й мислителю М.Копернику (1473-1543 рр.), який в праці “Про обертання небесних сфер” висунув ідею геліоцентризму, яка відкидала геоцентричну традицію Арістотеля-Птолемея. Подальшого розвитку геліоцентрична теорія набула у творчості Джордано Бруно (1548-1600 рр.), який першим висловив ідею про нескінченність природи і нескінченну множинність світів у Всесвіті, їх динамічну єдність і вічність. Керуючись принципами пантеїзму, Бруно ототожнює рух і матерію, природу і світову душу (Бога). Визнаючи позитивність релігійного впливу на людей, він заперечував догматичне авторитарне втручання церкви у питання філософії і науки, в проблеми суспільних відносин. Майбутнє людства, зауважував Дж.Бруно, пов´язане із “релігією розуму”, яка мусить зайняти місце “релігійного прозріння”.

Геліоцентрична система М.Коперника набула нового підтвердження у працях Галілео Галілея (1546-1642 рр.). Його астрономічні відкриття (гори на Місяці, плями на сонці, супутники Юпітера, фази Венери і т. ін.) доводили вірність передбачень давньогрецького філософа Анаксагора про єдність земних і небесних явищ. Г.Галілей розвинув нову методологію науки, яка базується на експериментах, відійшовши при цьому від старих традицій природознавства. Томас Гоббс (1588-1579 рр.), визнаючи розум за єдину, надійну основу пізнання, долає теорію “подвійної істини”, критично аналізує онтологічні докази буття Бога, заперечує вродженість ідеї Бога в людині.

Отже, завдяки змінам у суспільному житті та розвиткові науки в Новий час, особливо починаючи з ХVІІ-ХVІІІ ст., з´являється можливість критично й вільно подивитись на релігію. Провідні тенденції розвитку науки, нові суспільні відносини, що утверджувалися в межах капіталістичної системи, як тоді здавалось, залишали все менше підстав для віри в залежність людини від надприродних сил. Проте серед релігієзнавців залишалося чимало представників церкви, які негативно сприймали секуляризацію духовного життя (звільнення духовних процесів з-під нагляду Церкви). Наслідком протистояння богословського та світського релігієзнавства постала теоретична концепція релігії як свідомого обману (ще у ХІІІ ст. в Європі мав ходіння анонімний трактат “Про трьох великих брехунів”, де в такий якості фігурували Будда, Христос та Магомед). З´являлися погляди на релігію як продукт людської фантазії (П.Гольбах), невпевненості людини у своїх силах (Б.Спіноза).

У релігієзнавстві ХVІІ ст. особливе місце посідає Бенедикт (Барух) Спіноза (1632-1677 рр.). Свої ідеї щодо релігії Б.Спіноза виклав у "Богословсько-політичному трактаті". Він прагнув до створення цілісної картини світу, спираючись на механіко-математичну методологію. В основі філософської системи Б.Спінози лежить вчення про тотожність Бога й природи як єдиної, вічної і нескінченної субстанції. Бог не стоїть над природою, він перебуває прямо в ній як її іманентна причина. У розумінні Спінози, в субстанції зливаються необхідність і свобода. Бог (субстанція) вільний, оскільки все, що він чинить, випливає із його власної необхідності. У природі (а до неї Спіноза включає й людину) панує необхідність. Але людина, як модус особливого виду, має ще й свободу, яка полягає у єдності розуму і волі. Тому й масштаби реальної свободи визначаються мірою розумного пізнання. Б.Спіноза вперше піддав критичному аналізу Біблію, започаткувавши біблієзнавство Нового часу. Зокрема, Спіноза незаперечно довів, що Мойсея не можна вважати автором П’ятикнижжя, оскільки в останньому дається опис смерті Мойсея та деяких подій по ній.

Широке поширення отримують ідеї деїзму, прихильниками якого були Дж.Локк, Дж. Толланд та Ф.Вольтер. Особливість деїзму (лат. deus - бог) полягає в тому, що він заперечує ідею особистого бога і його повсякденне втручання в життя природи та людини. Бог розглядається лише як першопричина, творець світу, як безособовий початок, що свого часу привів світ у рух, встановив відповідні закони, за якими він розвивається, й відтоді не втручається в земні зсправи. Отже, деїзм є такою системою поглядів, яка обмежує владу богів законами природи. Деїзм виникає ще у середні віки, але найвищий його розквіт припадає на XVII - XVIII ст. у зв´язку з розвитком механіки, що ніби підтверджувала наявність першопоштовху, який зрушив механізм Всесвіту. Деїстична позиція дозволяла відмовитися від ідей Божественного одкровення, провидіння, чуда, від релігійної догматики й обрядовості; деїсты виступали за віротерпимість і свободу совісті.

Продовжують розвиватися традиції скептицизму: скептики Нового часу піддавали сумніву християнську догматику, чим сприяли її руйнуванню та підривали віру в непорушність релігійних істин. Вони прагнули пробуджувати дух вільної думки, критичні погляди на релігію, її сутність і соціальні функції. “Наша релігія, - писав французький мислитель XVI ст. М.Монтень, - створена для викорінення різних вад, а насправді вона їх покриває, живить і пробуджує”. На думку французького філософа П.Бейля (XVIІ ст.), можливе існування такого суспільства, що складається лише із атеїстів. При цьому, на його думку, моральний стан суспільства атеїстів буде вищим, аніж об´єднання віруючих. Скептики тієї епохи піддавали сумніву буття бога, ідеї створення ним світу і людини, безсмертя душі, потойбічного світу, інші християнські догмати. Водночас вони не відкидали їх так відкрито, як прибічники атеїзму. Слід сказати, що в наш час позиція скептицизму у питаннях релігійної віри вважається досить респектабельною, оскільки сучасні скептики стверджують, що вони ухиляються однаково як від тверджень про існування Бога, так і від протилежних, тобто – від тверджень про його не існування. Оскільки при тому стверджується, що людина не може нічого знати щодо існування Бога, то в наш час дану позицію називають “агностицизм” (від д.-грецьк. “незнання”).

Деякі мислителі Нового часу від критики релігії переходили на позиції відвертого атеїзму (Ф.Вольтер, П.Гольбах, Д.Дідро). Це поняття вперше з´явилося в давній Греції: про нього заговорив Діагор Мелоський (V ст. до н.е.). Атеїстами тоді називали не осіб, які заперечували існування Богів, а тих, хто жив, не звертаючись до них за допомогою, сподіваючись тільки на власні сили і розум, виходячи з того, що людина сама є господарем власної долі. Принагідно відзначимо, ці античні мислителі, що їм приписувалась позиція атеїзму, не заперечували існування богів. Відтак атеїзм поставав як вільний від містики шлях людини до усвідомлення самої себе. В прийнятому нині розумінні атеїзм постає як найбільш радикальна й послідовна критика релігії. До його прибічників зараховують всіх мислителів, які заперечують релігійні догми, вважаючи їх антинауковим й антикультурним явищем. Вони відкрито відкидають ідею буття бога, наявність потойбічного світу, безсмертя душі та інші основні релігійні положення. Згідно їх поглядів, релігія створена самими людьми під впливом соціальних і психологічних чинників. Світ, в якому перебуває людина, не створений ніким і розвивається за своїми власними законами. Релігійні образи - це продукти людської фантазії, різновид ілюзії, а не реальна сутність. У своїй діяльності, стверджують атеїсти, людині потрібно спиратися не на релігійну віру, а на власний розум, власні сили. Атеїсти вірять в те, що наука рано чи пізно незаперечно доведе відсутність Бога та його втручання в процеси дійсності, а віру в Бога вони пояснюють людською неосвіченістю, немічністю, слабкістю та безпорадністю перед обличчям могутніх сил природно-космічного та соціального порядків. Щоправда, наука ще й по сьогодні не змогла переконливо окреслити, як саме та чому в стихійно-природному світі з’являється дух, виникає потреба в смислі, ідеалах, доцільності. Більше того, з позиції атеїзму виходить, що не Бог як світова доцільність та розумна сила визначає процеси дійсності, а сліпа природна стихія, проте якимсь незрозумілим чином в ній виникає сенс і доцільність, а сліпий та стихійний космос чомусь вже містить в собі необхідні умови та своєрідні послідовні сходинки для розвитку людської розумності, науки, культури, історії. В кінцевому підсумку виходить, що сліпий космос повинен (всупереч вихідним твердженням атеїстів) бути розумним, доцільним, розумно зорганізованим.

Досить велика кількість релігієзнавців цього періоду у процесі переосмислення ролі релігії в життєдіяльності людини виходили за рамки традиційних релігійних систем. Релігію саму по собі мислителі не відкидали, а вказували на її спотворений (переважно служителями культу) характер та необхідність через усунення останнього повернення до якоїсь “дійсної (або справжньої) релігії”. Вони намагались не стільки “вдосконалити” існуюче релігійне вчення, скільки прагнули обгрунтувати якесь нове. Особливе місце належало ідеї “природної релігії”, що була популярною в ХVІІ-ХVІІІ ст. серед глибоко віруючих вчених-природознавців (І.Ньютон, Г.Лейбніц, Дж.Локк, Т.Джеферсон, Г.Чербері та ін.). Основна теза цієї теорії полягала у визнанні необхідності та виправданості людської віри у надприродну Істоту, в проведенні органічного зв’язку людської моральності із релігією. Прихильники теорії “природної релігії” вважали, що як світ, так і людину навряд чи можна зрозуміти поза припущенням існування Бога, проте, відштовхнувшись  від ідеї Бога, вони вважали, що людина повинна покладатись на свій розум у питаннях про те, як слід жити, діяти та вибудовувати суспільні стосунки. При тому звучав заклик необхідності відновлення істинної “природної релігії”, “чистої віри” на основі зусиль розуму. Прибічники даної теорії аналізували питання сутності моралі та її зв´язку із релігією, роль та місце суспільства і держави для морально-духовного зростання людини, обстоюючи її свободу в актуалізації своїх потреб. Г.Лейбніц у своїй “Теодицеї” навіть прагнув віднайти можливості філософського “виправдання” бога за існування зла у світі і з´ясування ролі в цьому вільної людської волі. Це був своєрідний стиль релігієзнавчої метафізики, котрий однозначно не можна віднести ні до теології, ні до наукового релігієзнавства.

Прикладом релігієзнавчої метафізики може служити філософія І.Канта, який розглядаючи богословські проблеми “душі”, “бутя Бога”, зрештою дійшов висновку: там, де виявляється неспроможність розуму, його місце має заступити віра. І.Кант вимагав чіткого розмежування сфер дії розуму та віри. Спираючись на вихідні принципи свого вчення, він подавав образи релігійної свідомості не стільки як реалії, скільки як феномени (явища), потреба в яких зумовлена природою людської моралі. На думку І.Канта, поза ідеями Бога, безсмертя душі, свободи волі (і відповідних винагород чи покарань) людська мораль неможлива. Самий же по собі розум не може виносити остаточних рішень щодо природи релігійних уявлень, оскільки тут він впадає в невирішувані внутрішні суперечності; отже, в цьому важливому питанні на перший план виходить віра. Один із шанувальників І.Канта – німецький мислитель Р.Шляєрмахер – вважав, що релігія тримається на почутті залежності людини від нескінченного; різні релігії постають лише різними формами зв’язку вічного та скороминущого.

Вивчаючи практично всі існуючі в його час релігійні системи, відомий німецький філософ Г.Ф.Гегель в своїй праці “Філософія релігії” (1832-1833 рр.) намагався подолати очевидний момент суб’єктивізації релігії, що спостерігався у його названих вище попередників. Гегель розглядав філософія і релігію як різні форми та етапи виявлення Абсолютної ідеї, тобто абсолютного всесвітнього розумного духу. На думку Гегеля, в релігії цей всесвітній дух даний у формах уявлення й віри. А це значить, що для Гегеля релігія справді була виразом найперших та найвищих світових істин, хоча означені істини були подані в ній без належного ступеню самоусвідомлення та самозвіту людської думки.  Раціоналізуючи  релігію та релігійну віру в Бога, мислитель подавав історію релігійних вірувань як  єдиний, закономірний процес, але в цьому процесі Гегель бачив поступове сходження релігій до своїх найвищих форм, якими він вважав християнську релігію божественного одкровення. Цікаво зазначити, що мислитель вкрай негативно ставився до різних форм забобонів, магічних вірувань та ін., оскільки відносив все це також до проявів надто низького рівня діяльності людської свідомості. Поруч з релігієзнавчою метафізикою на межі XVIII-ХIХ ст. з’являються різноманітні зародки наукового релігієзнавства, що лише наприкінці ХІХ-ХХ ст. розвинулися до цілісних шкіл і течій. Водночас виникла низка філософських концепцій, де даються більш повні інтерпретації природи релігії.

Отже в епоху Відродження та Нового часу відбулися значні зрушення в сфері вивчення та осмислення релігії як явища суспільного життя; все це створило необхідні умови для виокремлення релігієзнавства в окрему галузь наукового дослідження.