За польської доби дніпровські пороги стають найбільшим центром українського козацтва. Постійна загроза з боку урядових польських військ, нападів татар і турків змушувала козаків будувати укріплені засіками містечка, так звані “січі”. У середині XVI ст. з’явилося перше достовірно відоме постійне укріплення на дніпровському острові Мала Хортиця, яке прийнято вважати першою Запорізькою Січчю.

Соціальну базу Січі становили селяни, що втекли від своїх феодалів, а також представники інших верств населення, зокрема, — міщани, які не могли розрахуватися з боргами, шляхтичі, які тікали від судового переслідування, невдоволені владою священики. Окрім українців, тут знаходили притулок литовці, поляки, росіяни, білоруси, греки. Польським законодавством переселення й перебування на цих землях підданим Речі Посполитої заборонялося (конституція Вального сейму 1590 p., ухвала Віденського сейму 1593 p.). Особливості соціальних джерел формування Запорозької Січі, законодавча неврегульованість її існування сприяли розвитку Січі як антиурядової опозиції, зробили її центром соціального невдоволення в українському суспільстві. Січ бере активну участь у козацьких і селянських повстаннях.

Запорозька Січ формувалася на добровільних засадах із чоловіків за умови православного віровизнання та проходження випробувального терміну. Організаційно в мирний час Січ складалася з куренів (максимально їх було 38), де перебувало 5-6 тис. козаків. Територія на берегах Дніпра біля Запорозької Січі поділялася на паланки — області з власним самоврядуванням, яких у різні періоди було 5-8, максимально — 10. Щорічно за жеребом землі отримували ті чи інші курені. На цих територіях козаки займалися господарством, там же, на хуторах, жили із сім’ями одружені козаки. Але постійна воєнна небезпека унеможливлювала активне господарське освоєння земельних угідь, розвиток промислів і скотарства. Позбавлене в польській державі офіційного статусу, а також платні, запорозьке козацтво активно займалося військовим найманством і походами на землі Османської імперії.

Найвищим військовим, адміністративним і судовим органом була загальна військова рада за участю всіх козаків, яка скликалася за потреби й обов’язково — 1 січня, на Великдень, 1 жовтня. На раді вирішувалися найважливіші питання — вибору кошового отамана й військової старшини, війни і миру, розподілу земель, воєнних походів, покарання злочинців. Кошовий отаман і військова старшина звітували на радах про річну діяльність. Існували ради (“сходки”) у куренях і паланках.

На чолі Запорозької Січі стояв кошовий отаман, який уособлював усю вищу владу (воєнну, адміністративну, судову й певною мірою духовну). Під час воєнних дій він мав диктаторські повноваження з правом карати на смерть тих, хто не виконував його наказів. Кошовий отаман затверджував обраних на військовій раді старшин, визначав духівництво для січової та паланкових церков, розподіляв воєнну здобич, прибутки, виконував функції найвищого судді, здійснював загальне керівництво військовими справами, представляв Січ у міжнародних відносинах тощо. Проте найважливіші справи кошовий отаман вирішував, тільки скликавши військову раду.

До військової старшини належали військовий суддя, військовий писар, військовий осавул. Військовий суддя (заступник кошового) здійснював основні судові функції, водночас був скарбником і начальником артилерії. Військовий писар вів документацію, облік прибутків та витрат. Військовий осавул відповідав за громадський порядок, виконання судових вироків, проводив слідство, виконував інтендантські функції, організовував охорону іноземних послів та купців, керував військовою розвідкою. Рангом нижче стояли військові службовці (довбиш, пушкар, толмач, шафар, булавничий, бунчужний, хорунжий та ін.). Під час війни діяла походна старшина — полковник, осавул і писар. У межах паланок керівництво здійснювала паланкова старшина - полковник, осавул, писар, підосавул та підскарбій.

Як уже зазначалося, військова старшина виконувала не лише адміністративні, а й судові функції. У куренях і паланках діяв суд курінних отаманів та паланкових полковників. Справи про тяжкі злочини передавалися на розгляд військовим суддею чи кошовим отаманом. Для військової старшини судом першої інстанції вважався суд кошового отамана, а другої — суд військової ради.

Отже, аналіз організації козацького самоврядування й судочинства дає підстави стверджувати, що тут відроджувалась українська державність. Система органів військово-адміністративної влади забезпечувала виконання властивих державі внутрішніх і зовнішніх функцій. Запорізька Січ була новою військово-демократичною державою, що постала на руїнах княжої.