Найпоширенішим і найчисленнішим етносом Японії доби пізнього дзьомону вважаються айни, в яких деякі науковці вбачають прямих нащадків автохтонних праяпонців, що жили на цих землях ще з часів палеоліту. Дехто вважає айнів пришельцями, прабатьківщиною яких називають то Південно-Східну Азію, то Південний Сибір, то Північну Маньчжурію. Мешкали айни у центрі й на півночі острова Хонсю, на Хоккайдо й Курилах, але не підлягає сумніву факт спорадичної присутності айнів на всіх землях архіпелагу. Родинні зв’язки айнської мови до кінця не з’ясовані. З антропологічної точки зору частина науковців відносить їх до унікального расового типу, який поєднує в собі ознаки всіх чотирьох великих рас, інші вважають їх представниками північної гілки великої австралоїдної раси (зі зменшеною пігментацією). Дехто взагалі вбачає в айнах побічну гілку європеоїдів.

Причини таких розбіжностей полягають у справді незвичній антропологічній статурі айнів, параметри якої не підпадають під хрестоматійні ознаки великих людських рас. Айни — народ відносно високих людей з темною жовтуватою шкірою, прямим хвилястим волоссям (дуже чорним і жорстким), надзвичайно розвиненим вторинним і третинним волосяним покривом, а також великими очима прямого, зовсім не монголоїдного, розрізу. У них маленький, проте широкий ніс, товсті губи, широкий рот і видовжені доліхоцефальні голови.

Айни займалися морським та озерним рибальством, полюванням на пташину і звірів (переважно оленів і ведмедів), збиральництвом та звіробійним морським промислом. Рільництво айни знали, проте його роль залишалася досить скромною, оскільки багаті на живність острівні ліси та навколишні води забезпечували айнам відносно стабільний життєвий рівень навіть на стадії переважання привласнюючих типів господарювання. Землю обробляли примітивним плугом із сучкуватого стовбура, мотикою з оленячих рогів, а врожай збирали загостреною мушлею замість серпа.

Особливою войовничістю та кровожерливістю айни не відзначалися, хоча й "грішили" канібалізмом, проте в разі агресії проти них ставали "зело жорстокими" і "виявляли велику хоробрість у бою", тому японці писали про них, що "один (вояк) емісі (так вони іменували айнів) дорівнює ста (воякам-японцям)". На війні вони використовували отруєні списи та стріли, обладунки зі сплетених мотузок, тканин і дерев’яних брусків та жахливі бойові палиці (секібо). Коли ж перемогти в битві айни не могли, а врятуватися втечею не було можливості, вони робили собі пере — перерізали живіт (кінчали життя самогубством). Разом з тим айни залишалися людьми розміреними й неспішними, не любили багато говорити й цінували майстрів "лаконічних промов". Сусіди зазначали, що вони "набагато ввічливіші від інших народів, а крім того постійні, прямодушні, чеснотливі та лагідні. Говорять тихо, не перебивають один одного... Старих людей мають у великій шані". Найбільше айни цінували родинні зв’язки, дружбу, правдивість і щедрість, а найжорстокіше карали за брехню та войовничість, особливо якщо вони загрожували мирному укладу життя.

Основою соціальної структури айнів виступала велика патріархальна родина, що складалася із споріднених нуклеарних сімей з елементами полігамії, проте статус жінки у суспільстві залишався досить високим. Кілька сімей об’єднувалися у роди, з яких складалися племена й навіть аморфні племінні союзи. Культове життя айнів включало вшанування астральних божеств, духів природи й своєрідні елементи фетишизму і тотемізму. Шанували змію, орла, косатку, богів моря та гір, підземного світу, річок і долин, проте панівними вважалися два культи: богині вогню й сонця (охоронця тепла, світла й домашнього вогнища) та "сина бога гір" —- тотемного ведмедя. Окремо в айнів існував інститут шаманів, але тільки на засадах марновірства, а не офіційно визнаного культу. Шамани вважалися нечистими, їх не допускали на офіційні свята і використовували тільки для розв’язання практичних побутових потреб (лікування хворих, ворожіння про майбутнє, виготовлення приворотного зілля, наведення порчі на ворога тощо).

Південніше від айнів (Центрально-Західний Хонсю) за насів пізнього дзьомону мешкали ідзумо, або кудзо— маньчжуро-корейського (тунгусо-маньчжурського) чи аустро-незійського походження, які теж знали примітивне землеробство (гречка, каштани, просо), хоча рибальство, полювання та збиральництво їм, звичайно, теж не були чужими. Ідзумо відзначалися войовничістю, спрямованою проти північних сусідів — айнів, веселою вдачею і схильністю до містики. В їхній релігії панували таємні ритуали (які дуже нагадували шаманські камлання). Це породило серед сусідів ідзумо віру у їхню ворожість і навіть підступність.

Потреби екстенсивного перелогового землеробства й не менш екстенсивного збиральництва вимагали від ідзумо постійно розширювати свій земельний фонд, що в умовах крайнього дефіциту придатних для рільництва земель спричиняло постійні війни між ними і айнами. У цих кривавих сутичках войовничі ідзумо, як правило, брали гору над тихими і мирними айнами, що дало змогу їм поступово витіснити айнів з Центрального Хонсю. Зате південних сусідів — племена кумасо (хаято) — ідзумо побоювалися, а тому намагалися їх зайвий раз не дратувати.

Достовірною інформацією про соціальну організацію ідзумо сучасна наука не володіє, проте відомо, що елементи певної протидержавної централізації вони вже мали.

Серед етносів, що мешкали на островах архіпелагу за часів пізнього дзьомону, були й кумасо — спільнота малайсько-полінезійського походження. Ареал їхнього розселення охоплював острови Кюсю, Сікоку і, можливо, частково південну окраїну Хонсю. Економічною базою кумасо, як і ідзумо, вже стало вирубно-вогневе землеробство, при збереженні вагомої ролі привласнюючих форм господарювання.

За відгуками сусідів, це були войовничі, дикі й кровожерливі племена мужніх, рішучих та спритних людей, що прийшли на острови з півдня, відвоювали собі "місце під сонцем" і завзято боронили свої землі від будь-яких ворогів. Проте нових завоювань кумасо не вершили, задовольняючись уже здобутим. Можливо, подальшій воєнно-територіальній експансії кумасо завадила надзвичайна анархічність їхньої внутрішньої соціальної структури, оскільки, незважаючи на відчуття етнічної спільності, кумасо жили окремими родоплемінними групами, які ворогували між собою не менше, ніж з інородцями, через свою природну бунтівливість.

Ще одним етносом Японії доби пізнього дзьомону були примітивні рибалки ама, що населяли східне узбережжя Хонсю, північ Кюсю та Сікоку. Деякі науковці вважають їх етнічними родичами полінезійців Океанії, інші — "морськими циганами Південно-Східної Азії". Проте джерела засвідчують, що ама схожі на кумасо. Це дає підстави наполягати на їхньому аустронезійському походженні. Господарське життя етносу включало рибальство, океанічний промисел і збиральництво, а міфологічні уявлення звеличували Сонце, яке приніс людям герой-мореплавець, користуючись кораблем-птахом, що може літати по небу і ходити водами океану. Саме тому зображення дивовижних птахів-човнів часто трапляються на ритуальних і побутових предметах, виявлених археологами.

Наприкінці епохи дзьомон (середина І тис. до н. е.) Японія суттєво відставала в розвитку технологій, економіки та соціальних структур від своїх найближчих сусідів (Корея, Китай) і жила майже ізольовано від зовнішнього світу своїми власними проблемами. Головною причиною такого становища була відсутність етногосподарської та політичної єдності. Країна ще не вийшла за межі кам’яного віку, її рільництво залишалося маловрожайним і надзвичайно примітивним, а державних інститутів не існувало взагалі. "Країна Вранішнього Сонця" стояла на порозі активного державотворення, коли у другій половині І тис. до н. е. на островах з явилися "людиямато", або народ вадзін,— етнічні протояпонці.