Найдавніші свідчення існування людини на теренах Японії датуються XXXV тис. до н. е. епохою пізнього (верхнього) палеоліту. В ті далекі часи "Країна Вранішнього Сонця" ще не була острівним архіпелагом, а з’єднувалася з континентом двома суходільними перешийками: північним (через Хоккайдо, Курили й Сахалін) та південним (через Рюкю і Корею). Найімовірніше, саме через південний перешийок людина потрапила до Японії.

Причини масової міграції первісних людей зрозумілі: хоча тогочасні природу і клімат у регіоні визначала крига останнього великого зледеніння, пра-Японія під льодовий панцир не потрапила. Холодне дихання гігантської криги суттєво знижувало місцеві температури і сприяло появі на цих землях північної тундрової флори та відповідних тварин, тож палеолітичні праяпонці годувалися полюванням на мамонтів, гігантських оленів, печерних ведмедів, шаблезубих тигрів, шерстистих слонів тощо. Загінне й облавне мисливство на таких гігантських тварин було надзвичайно продуктивним, цілком задовольняло потреби людини в їжі, шкурах, жилах і т. ін., а збиральництво доповнювало калорійний м’ясний раціон необхідними вітамінними добавками. Так жили палеоялонці протягом кількох десятків тисяч років, аж доки масштабне потепління XV тис. до н. е. не почало руйнувати цей уклад життя.

Потужна крига танула й поступово відступала на північ, за нею тікали гігантські тварини плейстоценової фауни, проте люди не відразу відчули наслідки цього. Тала вода з криги достатньо зрошувала землю, холод льодовика відганяв від регіону своїм крижаним диханням хмари й дощі, а сонце за постійного антициклону (ясної погоди) щедро зігрівало пагорби й рівнини, які за достатку води й тепла вкрилися густими травами. На них жирували косулі, мускусні й благородні олені, тигри й леопарди, вовки, бізони, бурі ведмеді, величезні стада викопних азійських коней і навіть ендемічний японський слон, трохи менший за своїх африканських та індійських родичів, що дало змогу праяпонцям ще упродовж кількох тисячоліть вирішувати свої харчові проблеми майже не змінюючи технологію та структуру господарства. Проте в XI—X тис. до н. е. льодовик остаточно розтанув і в Східну Азію прорвалися циклони Атлантики й мусони Тихого океану. Клімат став вологішим, від постійних дощів і талих вод протягом X—VIII тис. до н. е. на 100 м підвищився рівень океану, що спричинило відокремлення Японії від континенту й утворення архіпелагу, який відділявся тепер від материка бурхливими водами Корейської протоки, Японського та Охотського морів і являв собою групу островів, серед яких виділялися чотири найбільші: Кюсю й Сі коку на півдні, Хонсю в центрі й Хоккайдо на півночі архіпелагу.

Ставши островами, змінилася сама Японія, яка в цей час вступила в епоху мезоліту (XI—VIII тис. до н. е.). Від надлишку вологи на місці колишніх рясних степів виросли ліси й хащі з ялиць, дубів, сосен, бамбука й кипарисів, вимерла решта великих тварин, а їм на зміну прийшли (зайнявши гідне місце у харчовому раціоні праяпонців) спочатку японські олені, кабани, ведмеді, мавпи, японські вовки й рисі, а пізніше — куниці, бурундуки, японські собаки, кролики, фазани, горностаї і навіть пацюки та жаби. Об’єкти мисливства явно дрібнішали. Для полювання на них людина винайшла лук і стріли, почала приручати собаку. Набуло Поширення збиральництво, але продовольча криза посилювалася, про що свідчать численні матеріали археологічних розкопок: на відміну від палеолітичних стоянок, на яких дослідники знаходять цілими великі кістки спожитих тварин, на мезолітичних стоянках усі кістяки побиті, обсмоктані й обгризені аж до останніх їстівних кістякових нутрощів. Періодичні голодування залишалися в часи мезоліту постійним супутником людини. Виходом із затяжної продовольчої кризи стала "неолітична революція" — тобто перехід від споживчого до відтворюючого господарства. Проте шлях до нових форм господарювання на теренах оточеного водою Японського архіпелагу виявився не зовсім канонічним.