Ще наприкінці Нового Царства в країні, особливо в Дельті, по більшало лівійських поселенців, яких фараони брали на військову службу. Врешті решт один з лівійських воєначальників Шешонк перебрав владу фараона, започаткувавши XXII, Лівійську, династію. Його самозванство не всім в Єгипті сподобалось, проте фараон-лівієць не допустив кровопролиття й зберіг єдність Єгипетської держави. Свого старшого сина Шешонк одружив на єгипетській принцесі, а молодшого зробив верховним жерцем храму Амона в Фівах. Своєю столицею він обрав місто Бубастис у Дельті, тому історики назвали засновану ним династію Бубастидами.

За Шешонка Єгипетська держава посилилась. Намагаючись відновити колишній єгипетський вплив у Східному Середземномор’ї, Шешонк віддав до гарему єврейського царя Соломона свою дочку, а коли Соломон помер — захопив Іудею. Проте цей політичний успіх не повернув Єгипту репутацію найсильнішої передньоазіатської держави.

За наступних фараонів-лівійців над Єгиптом навис дамоклів меч ассирійського вторгнення. Фараон Осоркон II дав себе втягнути в анти ассирійську авантюру східно-середземноморських царків, і в середині IX ст. до н. е. зазнав поразки в бою під Каркаром. Ця подія послужила детонатором сепаратистського вибуху в Єгипті. Верхній Єгипет на чолі з Фівами став по суті незалежним, Герак-леополь також об’єднав навколо себе сусідні номи. Навіть у самій Дельті, де була столиця лівійського фараона, окремі номи не визнавали його владу. Таніський князьок Петубастис проголосив себе фараоном, заснувавши XXIII династію, що існувала паралельно з XXII. Невдовзі Єгипет став жертвою чергових завойовників — куширів.

Давно минулися ті часи, коли Єгипет контролював територію, населену нубійцями (кушитами), аж до четвертого нільського порога. Наприкінці II тис. до н. е. к ушити утворили свою державу з столицею в м. Напаті, а згодом — у м. Мерое.

Володарі Напато-Мероїського царства підтримували тісні стосунки з Фіванським номом. Наприкінці VIII ст. до н. е. син нубійського вождя, Піанхі, захопив Фіви, а потім і майже неприступний Мемфіс. Він не став грабувати ці міста, навіть приніс щедрі пожертви мемфісь-кому храму Птаха. Це сподобалось єгиптянам (передусім жерцям), вони змирилися з володарюванням іноземця. Піанхі проголосив себе єгипетським фараоном, започаткувавши XXV, Кушитську (Ефіопську, Суданську), династію. Лівієць Осоркон II та представник місцевої XXIII династії визнали себе васалами Піанхі, фараона ж Бокхоріса, яким почалася й завершилась нижньоєгипетська XXIV династія, кушити, як запевняв Манефон, живцем спалили.

Шабака й Тахарка, які царювали після Піанхі, зміцнили панування кушитів у Єгипті. Проте саме тоді Єгипет став жертвою чергового агресора — Ассирії. В 671 р. до н. е. Тахарка змушений був рятуватися втечею від легіонів Асархаддона. Двічі єгипетську землю топтали полчища Адішурбаніпала. Все ж надійно закріпитися в Єгипті ассирійці не змогли. Псамметіх, якого самі ж ассирійці посадили на єгипетський трон, визволив країну від чужоземного гніту. Він започаткував XXVI, Саїську, династію (664—525 рр. до н. е.).

За Саїської династії країна, як образно зазначив єгиптолог Дж. Брестед, переживала розквіт на краю могили. Вона зміцнила свої торговельні та культурні зв’язки з карійсько-лідійськими племенами та малоазійськими греками. Греки навіть заснували в Дельті кілька торговельних факторій: Дафни, Стратопеди, Навкратіс. Найбільше приваблював грецьких купців Навкратіс, ймовірно тому, що це місто облюбували знамениті єгипетські гетери, в тому числі зірка першої величини серед них — Родопіс. Греки охоче записувались у фараонове військо. Саїські фараони, передусім Апрій та Яхмос II, використовували малоазійські та грецькі військові, загони для боротьби з сепаратистськими рухами в державі. Яхмос II так захопився грецькою культурою та грецьким способом життя, що свої щедроти демонстрував передусім на грецьких храмах, одружився на гречанці, ходив у грецькому одязі. Разом з тим, саме за Саїської доби Єгипет значною мірою відродив свою самобутню культуру, тому цей період староєгипетської історії ще називають Саїським відродженням.

Фараони Саїської династії намагалися посилити міжнародний вплив своєї держави, проте успіхів у цьому не досягли практично ніяких. Після поразки єгипетського війська в 605 р. до н. е. під Кархемишем від вавилонської армії, їм довелося остаточно відмовитись від мрій про панування на Близькому Сході. Відтоді, як говориться в Біблії, "більше вже не виходив єгипетський цар зо свого краю, бо вавилонський цар забрав усе від Єгипетського потоку аж до річки Євфрату, усе, що належало єгипетському цареві".

У другій половині VI ст. до н. е. Єгипет зазнав нападу персів. У 525 р. до н. е., відразу після смерті Яхмоса її, перський цар Камбіз розбив під Пелузієм єгипетську армію і включив Єгипет до складу своєї імперії. Єгипет став однією з найбагатших перських сатрапій. Єгиптяни, яким ніколи не бракувало патріотизму, не змирилися з перським пануванням. У 404 р. до н. е. вони таки повалили перське ярмо. Перські царі вдруге поневолили Єгипет лише в 342 р. до н. е., тобто за десять років до греко-македонського завоювання країни. З приходом до Єгипту в 332 р. до н. е. військ Олександра Македонського почався новий період єгипетської історії — Елліністичний.