З 1939 р. до основних територій України була приєднана Західна Україна і там радянська влада почала інтенсивно запроваджувати свої порядки. У західноукраїнських школах вводились радянські навчальні плани, місце польської мови займала російська. Вивчення польської історії і культури знімалося, а натомість шкільні підручники наповнювалися антире­лігійною пропагандою та статтями про діяльність більшовицьких вождів.

Позитивним було те, що у школи Західної України (передусім сільські) прийшла рідна мова, освіта оголошувалася безкоштовною. Але перебудова школи на радянський манер супроводжувалася її русифікацією (всі команди на уроках фізичної культури подавалися російською мовою, у роботі з дітьми використовувалися російськомовні пісні, вірші, ігри тощо) та активним вилученням з неї "націоналістичних елементів". Замовчувалися невигідні центральному урядові українські культурні діячі і їх ідеї, одночасно оспівувалася керівна роль комуністичної партії. Атеїстична радянська школа не допускала церкву до пропагування української духовності. Все це виховувало у школярів байдужість до національних питань.

Великих збитків українській школі нанесли німецькі окупанти. За період окупації фашисти знищили на території України 8 тис. шкіл і зруйнували 10 тис. шкільних приміщень. Метою їхньої шкільної політики на загарбаних територіях було онімечення населення та виховання покірності німецькому рейху. Гітлер вважав, що освіта для завойованих східних народів може згубно впливати на інтереси Німеччини. За його словами, "не можна, щоб вони (слов’янські народи) знали більше, ніж значення дорожніх знаків, а географію можна обмежити фразою: столиця рейху – Берлін".

Для реалізації своїх освітніх планів на Україні фашисти намагалися створити там т. з. "народні школи", для яких достатньо 4 класи. Метою навчання у таких школах повинно бути лише лічба, уміння розписатися та виховання покірності німцям. Уміння читати вважалося зайвим. Окупанти повністю заперечували існування на загарбаних територіях середніх та вищих шкіл.

Слід зауважити, що до населення Галичини німці ставилися більш лояльно, ніж до наддніпрянців. Вони майже не нищили на західноукраїнських землях українські початкові школи. Там навчання проводилось рідною мовою, у підручниках певною мірою відображалася українська культура, у шкільну програму були введені уроки релігії. Але вже з третього класу починалося вивчення німецької мови (за радянської влади вивчення російської мови починалося з першого класу).

В окупованому Києві німцями було створено "Український науково-методичний інститут шкільної освіти", видавався педагогічний журнал "Українська школа", відкрито кілька учительських семінарій для підготовки вірнопідданих вермахту педагогічних кадрів.

Щодо розвитку радянського шкільництва в Україні за роки війни, то тут можна умовно виділити два періоди: перший (1941-1942 рр.) спрямований на збереження школи і перебудову її роботи у відповідності до умов воєнного часу; другий (1943-1944 рр.) передбачав зміцнення школи на звільнених територіях і підвищення якості її роботи.

Вже на початку війни Наркомосом було створено групу працівників, які займалися евакуацією дітей, учителів, дитячих будинків, педагогічних навчальних закладів у східні райони країни. Тому у вересні 1941 р. заняття почалися лише в окремих школах, що не евакуювалися, в Донбасі, Одесі, Севастополі. Деякі школи працювали на територіях Сумської і Чернігівської областей, що контролювалися партизанами. Багато шкіл евакуювалися на Схід і почали новий навчальний рік в інших республіках – Росії, Казахстані, Туркменії, Грузії і ін.

У роки війни мали місце "лісні школи", які відкривалися партизанами. Здебільшого вони були початковими і діяли у складних умовах. Для занять не було пристосованих приміщень, здебільшого вони проводилися у селянських хатах, у лісних сторожках, на відкритому повітрі. Часто доводилося змінювати місця розташування лісних шкіл, не вистачало паперу, шкільного приладдя, працювали за самостійно розробленими навчальними планами.

У міру визволення України від окупантів почалась відбудова шкіл. У лютому 1943 р. було видано постанову українського уряду "Про поновлення роботи шкіл в районах Української РСР, звільнених від фашистських окупантів". На вересень 1944 р. на переважній більшості територій України відновилась робота шкіл, хоч і проходила вона у складних умовах розрухи, зростання кількості безпритульних дітей тощо.

Постановою уряду від 8 вересня 1943 р. прийом дітей до школи почав здійснюватися з 7-річного віку, вводилося роздільне навчання хлопчиків і дівчаток в загальноосвітніх школах (мало місце до 1954 р.). За роки війни з’явилися нові навчально-виховні заклади (школи робітничої і селянської молоді, суворовські і нахімовські військові училища), широкого розповсюдження набувають дитячі будинки для дітей-сиріт.

1944 року було видано ряд постанов, за якими вводились: відмінена раніше 5-бальна система оцінювання успішності; обов’язкові випускні екзамени, нагородження золотою і срібною медалями учнів-відмінників, які закінчували школу.

Після звільнення територій Галичини від німецьких завойовників туди були надіслані учителі-добровольці, щоб піднімати народну освіту, яка була повністю зруйнована. Це пояснювалося тим, що, з однієї сторони, в Західній Україні бракувало вчителів (загинули, ще воювали, емігрували, пішли в УПА), з іншої сторони, радянська влада хотіла швидкими темпами запровадити на цій території комуністичну ідеологію і заволодіти душами галицької молоді. У школах використовувалися підручники шкіл Східної України, швидко зростали піонерські і комсомольські організації.

Після війни розгорнулася активна робота з відновлення роботи школи на всіх територіях України. 1949 року відбувся перехід до загальної обов’язкової семирічної освіти. З 1956 р. створюється новий тип школи – школа-інтернат, куди приймалися діти одиноких матерів, інвалідів, сироти.

24 грудня 1958 р. було видано закон "Про зміцнення зв’язку школи з життям та про дальший розвиток системи народної освіти в СРСР". Цей закон визначав:

– перехід до обов’язкової 8-річної освіти для дітей віком від 7 до 15-16 років;

– організацію виробничого навчання і виробничої практики з метою поєднання навчання з продуктивною працею дітей (вся молодь віком 15-16 років повинна була включатися у посильну суспільно-корисну працю);

– структуру основних типів шкіл:

а) школи робітничої і селянської молоді (вечірні і заочні середні загальноосвітні школи), де працююча молодь, яка має 8 класів, отримує середню освіту і підвищує професійну кваліфікацію протягом 3-х років;

б) середні загальноосвітні трудові політехнічні школи з виробничим навчанням (11-річні: 8 класів + 3 роки для отримання повної середньої освіти та професійної підготовки в одній із галузей народного господарства);

в) технікуми й інші середні спеціальні учбові заклади, де на базі 8-річної освіти отримується загальна середня і середня спеціальна освіта.

З 1964 р. встановлювався 2-річний термін навчання в середній школі на базі 8 класу замість 3-річного. Школа ставала 10-річною. У 1966 р. була відмінена обов’язкова професійна підготовка в загальноосвітніх школах, яка не виправдовувала себе (лише незначний процент випускників йшли у виробництво за отриманим фахом).

У листопаді 1966 р. видано постанову, за якою у школах вводилися факультативні курси з окремих учбових предметів, починаючи з 7 класу, що вибиралися за бажанням учнів, визначався порядок організації диференційованого навчання – створення певної кількості шкіл і класів з поглибленим вивченням в 9-10 класах окремих навчальних предметів, встановлювалося викладання систематичних курсів з четвертого класу, а не з п’ятого.

Постанова від 20 червня 1972 р. "Про завершення переходу до загальної середньої освіти молоді та подальший розвиток загальноосвітньої школи", а також введені в дію з 1 січня 1974 року "Основи законодавства СРСР і союзних республік про народну освіту" ставили перед школою завдання давати молоді глибокі і міцні знання основ наук і проголошували перехід країни до обов’язкової загальної середньої освіти.

В 70-х і на початку 80-х років було прийнято ще ряд документів, спрямованих на піднесення роботи системи народної освіти. Але вони не працювали і радянська школа, піддаючись застійним впливам, все більше входила у кризовий стан. 1984 року було накреслено і прийнято основні напрямки шкільної реформи, де передбачалося: підвищення якості освіти і виховання; поліпшення постановки трудового виховання і професійної орієнтації учнів; зміцнення навчальної дисципліни і розвиток учнівського самоуправління; підняття громадського престижу і авторитету учителя, покращення його теоретичної і практичної підготовки тощо. Для реалізації поставлених завдань було видано ряд партійних постанов. Зокрема, на основі розробленого плану партійними постановами у країні було проголошено перехід на навчання дітей з 6-річного віку та на 11-річний термін шкільного навчання; змінювалася структура загальноосвітньої школи (початкова 1-4 класи, неповна середня 1-9 класи, середня школа 1-11 класи), зменшувалась наповнюваність 1-9 класів до 30 чоловік, 10-11 класів до 25 чоловік.

Але всі проведені заходи у зв’язку із скочуванням країни у прірву економічної кризи не дали бажаного результату. Вже на першому році реформування освіти на урядовому рівні було констатовано, що "реформа забуксувала". Школа залишалася у кризовому стані, такою вона була і на час проголошення незалежної України.