У працях Коменського є багато вказівок щодо різних видів виховання, але цим проблемам він надає дещо менше уваги і не розробляє їх ґрунтовно.

Коменський висуває ціле вчення про моральне виховання та шкільну дисципліну. Це зрозуміло, адже моральність входить до трьох основних якостей людини, які складають її суть: мудрість, моральність і благочестя.

Освіта – лише перший щабель на шляху до триєдиної мети виховання. Вона дає мудрість (пізнання себе і всіх речей). Але “нещасна та освіта, яка не переходить у моральність і благочестя“. “Що золоте кільце в носі у свині, те саме освіта у людини, яка відвертається від добродіянь“. Тому моральне виховання він називає наступним, більш вищим етапом підготовки людини до життя.

Коменський називає 4 кардинальні моральні якості, які треба сформувати в людини: мудрість, помірність, мужність, справедливість. Як різновид мужності пропонує розглядати витривалість у праці та благородну щиросердечність.

Якщо ці якості Коменський називає основними, кардинальними, то у своїх працях він називає цілий арсенал різноманітних конкретних моральних якостей, які потрібно формувати у дітей.

Моральні якості потрібно втілювати юнацтву всі без виключення, причому починати робити це з якомога молодшого віку.

До основних засобів морального виховання відносить приклади порядного життя батьків, учителів, товаришів (основа моральності); моральні правила і настанови, взяті зі священного писання та висловлювань мудреців; вправи і привчання; дисципліна.

Шкільну дисципліну Коменський розглядає і як незмінний порядок шкільного життя, обов’язковий для всіх, і як умову для правильної постановки навчання і виховання, і як систему покарань, засіб впливу на школярів. “Школа без дисципліни є млин без води“.

У поглядах на шляхи досягнення дисципліни Коменський стоїть на гуманістичних позиціях. Він вважає, що “застосовувати дисципліну треба не для того, щоб покарати, а щоб той, хто провинився, не робив поганих вчинків“. Це робити потрібно так, щоб сам учень, який провинився, зрозумів, що покарання призначається йому для його ж власного блага, і “відносився до покарання тільки як до прописаних лікарем гірких ліків“.

Але, будучи гуманістом, Коменський проявляє непослідовність щодо тілесних покарань. Він строго забороняє застосовувати їх як покарання за навчання. Коменський виступає проти тілесних покарань і щодо виховання, але допускає їх як крайні заходи у трьох випадках:

– за богохульство, за все, що спрямоване проти Бога;

– за вперту неслухняність і свідому непокору вчителеві;

– за чванство, недоброзичливість, відмову допомогти товаришеві у навчанні.

Головним засобом дисциплінування Коменський називає авторитет учителя, який повинен бути таким, щоб учню було гріх його не послухати. Для цього учитель повинен завжди іти попереду і вести за собою учнів. До вчителя і до вчительської професії Коменський ставить високі вимоги.