Коменський запровадив поняття навчального року з поділом його на 4 чверті і канікули між ними. Педагог вимагав, щоб прийом учнів до школи відбувався один раз на рік – восени. У кінці навчального року ввів перевідні екзамени. Крім цього запровадив різні види контролю й перевірки успішності учнів у навчанні: поурочна, щодення, щотижнева, четвертна.

Коменський дав ряд вказівок про організацію навчального дня у школі. Навчальний день повинен починатися вранці і тривати у школі рідної мови 4 години (2 години зранку для розвитку розуму і пам’яті та 2 години після обіду для розвитку рук і голосу), а в гімназії – 6 годин.

Одна з найбільших заслуг Коменського — розробка найважливіших питань класно-урочної системи навчання і обґрунтування уроку як форми організації навчання в школі.

Виникнення елементів класно-урочної системи (к.у.с.) в XVI-XVII ст. пояснюється тим, що індивідуальне і побудоване на зазубрюванні навчання не відповідало духу епохи. Потреба в ефективнішій освіті, у якій був кровно зацікавлений новий клас — буржуазія, вимагала нової форми навчання. Спираючись на досвід навчання, побудованого за урочною системою (школи чеських братів, братські школи України і Білорусії ХVІ-ХVІІ ст.), а також на власну практику, Коменський вперше дав теоретичне обґрунтування к.у.с. навчання. Він піддав різкій критиці пануючий в його час шкільний режим взагалі та індивідуально-групову форму організації занять особливо. За старою системою учитель працював індивідуально з кожним учнем, а це значно обмежувало його можливості. Він міг займатися одночасно з 7-8 школярами, які ще й до того ж вивчали одночасно різний матеріал.

Необхідними умовами правильної організації навчальної роботи Коменський вважав: 1) клас з незмінним складом учнів і приблизно однаковим рівнем розвитку; 2) твердо визначений час занять; 3) послідовне чергування занять і перерв; 4) одночасну роботу учителя з усім класом.

Ним було запропоновано створювати у школах для навчання класи – групи з незмінним і стабільним складом учнів приблизно однакового рівня розвитку. Це давало можливість учителю вести колективну роботу одночасно з усіма учнями, а всі учні на занятті займалися одночасно одним і тим же.

Прагнучи охопити навчанням якомога більшу кількість дітей, Коменський допускав до 300 учнів у одному класі. При цьому клас пропонувалось ділити на десятки, і з кожним десятком учителю допомагали працювати декуріони – кращі учні, що ставились на чолі кожного десятку. В обов’язки декуріонів входило: слідкувати за відвідуванням, перевіряти домашні завдання, допомагати відстаючим, слідкувати за увагою учнів під час занять.

Коменський запропонував проводити шкільні заняття у твердо визначений час. У всіх класах вони повинні починатися одночасно. Ввів уроки, які чергувались з перервами. Тривалість одного уроку визначалась в 1 годину. Кожна година, на його думку, повинна бути частиною того часу, що виділений для вивчення предмета. Кожна година повинна мати своє конкретне завдання. «Клас є не що інше, як об’єднання однаково встигаючих учнів для того, щоб легше можна було вести разом до однієї і тієї ж мети всіх, хто зайнятий одним і тим же і ставиться до навчання з однаковою старанністю».

Цікаві і важливі погляди Коменського відносно структурної побудови уроку. Він розрізняє три частини уроку: початок — відновлення в пам’яті учнів пройденого, опитування і створення уваги; продовження — показ, сприймання, роз’яснення; закінчення — вправа, оволодіння, використання.

На кожному уроці треба виділяти час для опитування учнів, для пояснення нового матеріалу і для вправ по закріпленню вивченого. Кожний урок повинен мати строго визначену тему і головне завдання.

До хиб у висловлюваннях Коменського відносно організації навчальної роботи треба віднести його припущення, що одного вчителя досить для якого завгодно числа учнів. В інших місцях своїх творів він висловлюється конкретніше, вважаючи, що один учитель зможе навчати 300 учнів. У цьому позначився певний механіцизм Коменського, надмірна віра в силу «єдиного методу».

Елементи для обґрунтування класно-урочної системи він почерпнув із практики роботи братських шкіл, які існували тоді в Україні і Білорусії. Є подібність між його працею “Закони добре організованої школи“ і Статутом Львівської братської школи 1586 року.