Коменський розробив ґрунтовне вчення про школи. Важливими компонентами цього вчення є вікова періодизація розвитку дітей, система шкіл, зміст освіти та вимоги до організації роботи навчальних закладів.

Освіту, на думку Коменського, слід розпочинати якомога раніше і присвятити їй весь період юності – 24 роки. Даний відрізок часу він розділив на чотири 6-річні вікові періоди: дитинство (0-6 р.), отроцтво (6-12 р.), юність (12-18 р.), змужнілість (18-24 р.). В основу такого поділу він поклав вікові особливості дітей.

Кожному віковому періоду Коменський визначив відповідну школу: материнська школа (материнське опікунство у кожній сім’ї); школа рідної мови (елементарна народна школа, створюється у кожній общині, селі, містечку); латинська школа або гімназія (створюється у кожному місті); академія (створюється у кожній державі або великій провінції).

Перші дві школи відвідують усі без виключення діти обох статей; гімназію – ті хлопчики, у кого прагнення вищі, ніж бути ремісниками; академія готує вчених і майбутніх керівників інших.

Згідно принципу природовідповідності визначені Коменським 4 вікові періоди та 4 ступені освіти відповідають 4-м порам року, відповідно – весні, літу, осені та зимі.

Коменський проголошує принцип доступності початкової освіти для всіх: “Ми прагнемо загальної освіти у сфері всього людського для всіх, хто народився людиною“.

Для всіх шкіл Коменський проголошує принцип єдності і наступності: “При всій відмінності цих шкіл ми бажаємо, щоб у них викладали не різний матеріал, а один і той же, тільки різними способами“.

Кожна школа відмінна від інших своїми завданнями, змістом освіти та організацією роботи.

Материнська школа (дошкільне виховання дітей у сім’ї) покликана передусім забезпечити фізичний розвиток дітей, а також дати початки знань всього того, чого людина повинна навчитися протягом життя. На першому місці – фізичне виховання. Але вже в цьому віці потрібно здійснювати і моральне, естетичне, трудове, релігійне виховання: “Батьки не повинні відкладати виховання до навчання своїх дітей вчителями, адже неможливо криве дерево, що вже виросло, зробити прямим“.

Коменський детально описав усі сторони дошкільного виховання у написаному ним посібнику для батьків “Материнська школа“ – першій в історії такого роду книзі.

Школа рідної мови є загальнодоступною. Навчання у ній відбувається рідною мовою. Заслуга Коменського в тому, що він, на відміну від тогочасних початкових шкіл, де термін навчання обмежувався 2-3 роками, запропонував для цієї школи 6-річний курс навчання, чим підняв значення початкової школи.

В організації роботи школи рідної мови Коменський проголошує принцип зв’язку школи з життям. Він розширив зміст освіти у цій школі за рахунок введення реальних предметів: історії, географії, природознавства. “Мета і межа школи рідної мови, щоб діти навчились всьому тому, що буде їм потрібно протягом всього життя“. Важливим елементом цієї школи є вивчення релігії.

Метою латинської школи Коменський ставить вивчити разом з чотирма мовами (грецька, латинська, єврейська, рідна) всю енциклопедію наук з тим , щоб дати тверду основу для одержання в майбутньому досконалої вченості у будь-якій сфері науки.

Крім традиційних для тогочасної середньої школи “семи вільних мистецтв“, Коменський, слідуючи за принципом зв’язку з життям, пропонує вивчати історію, географію, природознавство, релігію. Він хоче, щоб з латинської школи виходили справжні моралісти і богослови, пропонує окремий клас для вивчення моралі.

Академія завершує і доповнює всі науки, а також передбачає вивчення вищих предметів освіти: богослов’я, філософії, медицини, права.

Академія (як і університет) має традиційні факультети: богословський, юридичний, медичний.