У XII ст. виникають нові освітні заклади – університети. У перекладі з латинської ця назва означає корпорація. Так називали об’єднання викладачів між собою та викладачів зі студентами. Ініціаторами заснування університетів виступали, як правило, вчені, які були незадоволені тим, що церковні школи ігнорували нові знання, оскільки вони не відповідали догматам віри.

Серед перших були засновані університети в Болоньї (1158 р., Італія), Оксфорді (1168 р., Англія), Кембриджі (1209 р., Англiя), Парижі (1253 р., Франція), Празі (1348 р., Чехія), Кракові (1364 р., Польща) та iн. На 1500-й р. у Європі нараховувалося уже 65 університетів.

Перші університети мали своє самоврядування i користувались певною автономією по відношенню до церкви, феодалів i міських магістратів. Учні називались студентами, що з латинської означає старанно вчитися. Вони об’єднувались у провінції і нації. Викладачі об’єднувались в особливі організації факультети – здатність викладати той чи інший навчальний предмет. Викладачі вибирали голову факультету – декана. Ректором називали голову університету, якого також вибирали. Шляхом виборів призначались й інші посадові особи.

Але з моменту виникнення університетів церква, користуючись монополією на навчання, постаралась підкорити їх собі. Для цього давала університетам різні привілеї та матеріальні допомоги, наводнювала їх своїми викладачами i навіть засновувала свої університети (наприклад, так було з Паризьким університетом). Поступово церква добилася своєї мети, а богословський факультет стає найголовнішим.

Середньовічні університети мали звичайно 4 факультети: артистичний (або факультет мистецтв), богословський, юридичний та медичний.

Артистичний факультет (термін навчання на ньому – 6-7 років) був підготовчим i виконував роль середньої школи. Тут вивчали традиційні “сім вільних мистецтв“. Хто закінчував цей факультет, отримував ступінь “магістра мистецтв“, а також право вступати на інші три головні факультети.

Термін навчання на основних факультетах тривав 5-6 років. Особи, які закінчували повний курс навчання (11-13 років), здобували вище звання “доктора наук“.

Основними видами занять в університетах були лекції, коли професор читав по книзі текст i коментував його, та диспути. Останні були характерні для середньовічних університетів. Вони організовувались на основі тез, які наперед повідомлялись учням і потім обговорювались. Диспути проходили гаряче i тривали інколи по 10-12 годин з невеликою перервою на обід. Крім цього всього учні виконували ще й письмові вправи – писали трактати.

Слід відзначити, що в середньовічних університетах навчання було схоластичним. Вчені-богослови прагнули примирити науку i релігію. Диспути, що тут організовувались, часто являли собою набір словесних суперечок i хитросплетінь схоластичної вченості, були відірваними від життєвих потреб.