Для города Москвы, города федерального значения как субъекта Российской Федерации, установлены определенные особенности в организации местного самоуправления.

Вызвано это тем, что город Москва имеет сложное административное деление, в том числе и социальную, транспортную инфраструктуру, требующую централизованного обеспечения и обслуживания.

Территориальными единицами города Москвы являются районы, входящие в состав одного из девяти административных округов. В административных округах осуществляют свою деятельность органы исполнительной власти города Москвы - префектуры, в районах - органы местного самоуправления.

Районы и административные округа имеют наименования и границы, закрепляемые правовыми актами города Москвы.

Помимо этого в состав Москвы могут входить территории, примыкающие к границам города, и территории, находящиеся на территории другого субъекта Российской Федерации - Московской области. Например, территория в пределах Московской кольцевой автомобильной дороги (МКАД), и территории, примыкающие к внешним границам полосы отвода МКАД относятся к отдельным районам города Москвы, входящим в тот или иной административный округ.

Несколько поселков за МКАД (Малино, Акулово, Восточный, Некрасовка, Рублево (с деревней Мякинино), Внуково и Толстопальцевский сельсовет в составе поселка Толстопальцево) и деревни (Толстопальцево, Новобратцевский, Липки и Милицейский; деревни Захарьино, Захарьинские Дворики (часть), Федосьино и Щербинка, Кутузово, Ново-Малино и Рожки); город Зеленоград и территории, включенные в состав города Зеленограда, с населенными пунктами; часть дачного поселка Алабушево; аэропорт Шереметьево, находящиеся на территории Московской области, также входят в состав определенных районов города Москвы и, соответственно, включены в тот или иной административный округ.

Ранее на территории города Москвы создавались территориальные единицы с особым статусом (ТЭОС), в которых местное самоуправление не осуществлялось, поскольку создавалась специальная администрация по управлению. Но федеральная конституционная реформа повлияла на законодательство города Москвы, и подобные положения изменены.

В настоящее время местное самоуправление осуществляется на всей территории города Москвы (и отнесенных к ее территории) вне зависимости от статуса территорий, в границах внутригородских муниципальных образований, создаваемых на территории районов города Москвы. В одном районе города Москвы может быть создано несколько муниципальных образований, но муниципальные образования не могут включать в себя территории нескольких районов.

Однако московские законодатели не стали дробить районы и образовывать муниципальные образования в одном районе, а создали в каждом районе по муниципальному образованию. Так, в городе Москве всего 125 районов, соответственно создано 125 муниципальных образований.

В городе Москве сложная транспортная, коммунальная, инженерная и социальная инфраструктура не может быть поделена между районами или административными округами, поскольку представлена едиными системами в рамках территории всего города Москвы.

Образование муниципальных образований, установление их территорий и наименований осуществляются в городе Москве специальным законом по представлению мэра Москвы с учетом исторических и иных местных традиций, географических, градостроительных особенностей, социально-экономических характеристик соответствующих территорий, расположения транспортных коммуникаций, наличия инженерной инфраструктуры и других особенностей территорий.

Наименования муниципальных образований, сведения о составе их территорий и границах, а также другие необходимые сведения должны вноситься в реестр муниципальных образований, который по поручению мэра Москвы ведет уполномоченный орган исполнительной власти города Москвы.

К органам местного самоуправления в городе Москве относятся представительный орган местного самоуправления - муниципальное Собрание, исполнительно-распорядительный орган - муниципалитет, другие органы местного самоуправления, образуемые в соответствии с уставом муниципального образования.

Структура органов местного самоуправления, а также их наименование и наименования должностных лиц, порядок избрания (назначения), компетенция, сроки полномочий, подотчетность, вопросы организации и деятельности определяются уставами муниципальных образований.

В городе Москве органы местного самоуправления являются юридическими лицами.

Финансово-экономическую основу местного самоуправления в городе Москве составляют муниципальная собственность, имущество, находящееся в собственности города Москвы и переданное в управление органам местного самоуправления, а также иная собственность, служащая удовлетворению потребностей жителей муниципального образования.

Местное самоуправление в Санкт-Петербурге осуществляется на всей его территории в границах территорий городов, поселков, муниципальных округов Санкт-Петербурга.

Административно-территориальными единицами Санкт-Петербурга являются районы. При этом в состав районов входят внутригородские муниципальные образования - муниципальные округа, города и поселки.

В восемнадцати районах Санкт-Петербурга осуществляют свою деятельность исполнительные органы государственной власти Санкт-Петербурга - администрации районов Санкт-Петербурга. А жители города осуществляют свое право на местное самоуправление в муниципальных образованиях, располагающихся в границах районов.

Всего на территории Санкт-Петербурга создано 111 муниципальных образований.

Органами местного самоуправления в городе Санкт-Петербурге являются муниципальный совет, состоящий из депутатов, избираемых населением, глава муниципального образования (муниципального округа, города, поселка), местная администрация, контрольный орган.

Жители городов федерального значения не ограничены в своих правах. Любой гражданин Российской Федерации, имеющий место жительства в городе федерального значения, независимо от сроков проживания и места рождения, в соответствии с установленными законодательством гарантиями прав граждан вправе осуществлять свои права на местное самоуправление в муниципальных образованиях путем референдума, выборов, других форм прямого волеизъявления, а также через выборные и другие органы местного самоуправления.

Специфику организации местного самоуправления в городе Санкт-Петербурге, как и в городе Москве, обусловливает то, что перечень вопросов местного значения определяется законами Санкт-Петербурга исходя из необходимости сохранения единства городского хозяйства, а местные налоги и сборы устанавливаются специальными законами указанных субъектов Федерации.

Законодательство допускает и возможность зачисления установленных источников доходов местных бюджетов в бюджеты городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга в соответствии с законами этих субъектов Российской Федерации.

Органы государственной власти городов федерального значения также самостоятельно могут производить передачу органам местного самоуправления имущества исходя из перечня вопросов местного значения, установленных для этих муниципальных образований законами указанных субъектов Российской Федерации.