Ренесансні гуманістичні ідеї спершу не викликали негативної реакції з боку офіційних представників католицької церкви. Ситуація різко змінюється
після того, як у ХVІ ст. Відродження обертається феноменом Реформації.
М.Лютер (1483-1548) піддав критиці офіційну католицьку доктрину. Його позиція виходила з ідей містичного пантеїзму Майстера Екхарта, августиансько-платонічних уподобань та ренесансного критицизму Еразма Роттердамського. М.Лютер закликав повернутися до первісної "чистоти" християнського вчення, відкинути всі пізніші нашарування у вигляді панських бул і декретів. Висуваючи тезу про загальне "священство", він робив непотрібним духовенство, пропонуючи "прямий", індивідуальний шлях кожного віруючого до Бога. М.Лютер наполягає на ірраціональному характері релігійного знання, роблячи тим самим принципово неправомірною будь-яку спробу "світської" його критики. Він переклав Біблію німецькою мовою, зробивши тим самим її зміст ближчим і зрозумілішим основній масі віруючих німців. Реформа М.Лютера позбавила церкву політичного панування, підпорядкувала її світській владі.
Ж.Кальвін (1509-1564) був автором іншого, більш радикального варіанту Реформації. Від лютеранства кальвінізм відрізнявся більш категоричним містицизмом та ірраціоналізмом. Як вчив Ж.Кальвін, Христос своєю жертвою на хресті обрав до спасіння не все людство, а лише якусь його певну частину. Причому критерії "обраності" цілком ірраціональні. Тому, як він каже, "званих багато, а обраних мало". Проте саме внаслідок ірраціонального характеру божественного вибору обранцем може вважати себе кожний.
Реформація за своїм ідейним змістом була типово ренесансним феноменом. Водночас вона істотно відрізняється від гуманістичної традиції Відродження репресивними заходами Контрреформації. Лютеранський монізм у своєму запереченні автономії людської істоти, її свободи збігається з натуралістичним монізмом пізнього Відродження, який так само заперечує автономію людського єства. Недаремно своє продовження лютеранський монізм, який утверджував існування одного Бога і божественної природи, знаходить у німецькому ідеалістичному монізмі ХІХ ст., а натуралістичний монізм - у матеріалістичному механічного світогляду Нового часу.